自主创新政策，是我国为增强国家创新能力而实施的一项核心战略，其对我国的发展和复兴起着重要的作用。然而，在自主创新政策制定和实施的过程中，我国却遇到了来自国外的巨大的舆论压力和WTO合规性方面挑战，部分自主创新政策甚至被迫作出了调整。如何应对“自主创新政策”的在WTO规则层面遭受到的挑战业已成为迫在眉睫的问题。　　 本文共分五章，第一章是引言部分，笔者说明了对本文将要探讨的问题，即通过对自主创新政策中典型的“自主创新产品认定制度”进行WTO的合规性分析，以期发现该制度中所存在的WTO合规性问题，以微见著，提出应对“自主创新政策”在WTO规则层面遭受到的挑战的些许拙见;第二章，笔者首先概述中国自主创新政策，继而引出了自主创新政策中典型的“自主创新产品认定制度”，并详述该措施的发展始末;第三章，笔者首先简述中国作为世界贸易组织成员所应承担的义务，并探讨了世界贸易规则与自主创新政策之间的联系;其次分别从WTO透明度义务、TRIPs的相关义务以及与补贴相关的WTO义务方面对“自主创新产品认定制度”作了合规性的分析，并指出了“自主创新产品认定制度”与WTO规则之间可能存在的冲突。鉴于，中国加入《政府采购协议》只是时间问题，本章还初步分析了“自主创新产品认定制度”与《政府采购协议》的潜在冲突;第四章，笔者承接第三章的结论，对我国应如何应对自主创新政策WTO合规性的挑战提出了建议，即中国应当注意提高自主创新立法的透明度，加强对知识产权的保护并建立各级政策的WTO审议制度;最后一章为总结及展望。