我国是全球最大的生猪养殖和猪肉消费国家，猪的健康养殖不仅关系到生猪产业的发展，还与公共卫生密切相关。病毒性疾病是养猪业持续健康发展的重要制约因素，当前我国猪病流行呈现出“老病多变，新病时有出现”的特点。在众多猪病毒性疾病中，猪病毒性腹泻疾病的危害不容小视。猪流行性腹泻病毒是其重要的病原之一，能够引起猪的急性传染性肠道疾病，发病率和死亡率都很高，可对养猪业造成巨大的经济损失。
　　为了解我国规模化猪场携带病毒的本底数据，本研究对贵州省4个地点的规模化猪场进行了病毒本底调查，共采集151头健康仔猪的咽拭子和肛拭子进行病毒宏基因组学研究。结果显示这些仔猪共携带25个科的病毒，包括噬菌体、昆虫病毒、脊椎动物病毒等。在脊椎动物相关的病毒科中，四个猪场共同存在星状病毒、冠状病毒、微小核糖核酸病毒等11个病毒科。通过对比单一病毒在同一猪场的咽拭子和肛拭子中的reads数，发现疱疹病毒科、黄病毒科、星状病毒科、冠状病毒科等病毒科的病毒体现出一定的组织嗜性。大部分病毒与已知病毒同源性较高，星状病毒具有丰富的遗传多样性。
　　与此同时，本研究结合GenBank数据库中及本实验室猪腹泻样品所扩增的PEDV序列对我国PEDV的进化动力学进行了分析。首先对实验室2011-2017年采集保存的54份猪腹泻样品用猪腹泻相关病毒PCR方法进行检测，发现其主要病原是PEDV。然后从中选取代表性样品扩增其全基因组，结合GenBank数据，从系统发生、氨基酸突变和基因重组三个方面展开PEDV的进化动力学研究。系统发生分析表明我国2010-2017年的PEDV分为两个基因群，GII群毒株占比较大，GI群毒株较少且几乎全为2015年之前毒株，时空分布整体无规律，但存在小部分聚集现象。氨基酸序列比对分析发现PEDV的S蛋白和N蛋白分别有103个和20个氨基酸突变位点；S，N两个蛋白整体处于纯化选择状态，但共有36个正选择位点；GsII群毒株S蛋白中有21氨基酸位点位于特殊功能区(RBD，COE等)；11个氨基酸位点由于受到了正选择压力导致其突变频率与年份呈线性关系；N蛋白和S蛋白中共有20组协同进化位点，每组协同位点呈现对称状态。重组分析表明，从67个全基因组序列中共预测出26个重组事件，可见PEDV重组频发，且Nsp4、Nsp12、Nsp14及ORF1b和S的基因的交界处为重组热点区域。
　　综上，本研究对贵州省规模猪场的健康仔猪进行了病毒宏基因组学研究，部分揭示了我国健康仔猪携带病毒的本底情况。同时对我国近十年的PEDV流行毒株的进化动力学进行了较系统的分析，一定程度上揭示了近十年来我国PEDV的进化规律。本研究对我国进一步开展规模化猪场的病毒本底调查提供可行性，对猪病的监测与防控具有重要的指导意义。