隐孢子虫(Cryptosporidium spp.)和蓝氏贾第虫(Giardia lamblia)是两种重要的机会性致病肠道原虫,已在世界范围内的多个国家和地区发现其感染。Cryptosporidium spp.和G.lamblia宿主谱广,可感染人和多种动物,严重危害人类健康,影响动物的生产性能。牛是陕西省重要的经济动物,掌握本省犊牛Cryptosporidium和G.lamblia的感染状况,明确其种群结构,可为其防控提供基础资料和数据。本研究利用巢式PCR技术分别对陕西省部分地区奶牛和秦川牛犊牛的Cryptosporidium和G.lamblia感染状况进行了调查,并对其进行了种群结构分析,获得以下结果:1.对从陕西省杨凌、咸阳、铜川、汉中、宝鸡、渭南6个地区采集的371份(198份来自于奶牛,173份来自于秦川牛)犊牛粪便样品进行Cryptosporidium 18S rRNA基因的PCR扩增分析发现,Cryptosporidium总感染率为23.18%(86/371),其中奶牛犊牛感染率为31.31%(62/198),秦川牛犊牛感染率为13.87%(24/173),断奶前犊牛(1~2月龄)感染率为25.00%(50/200),断奶后犊牛(3~6月龄)感染率为21.05%(36/171)。86份阳性样品中,36份鉴定为安氏隐孢子虫(C.andersoni),21份鉴定为瑞氏隐孢子虫(C.ryanae),29份鉴定为牛隐孢子虫(C.bovis)。对36份C.andersoni分离株进行基于MS1、MS2、MS3和MS16基因位点的多位点序列分型结果显示,有15份样品在4个位点均扩增成功,分别形成3、1、2、1个基因亚型,构成4个MLST亚型(A4A4A4A1、A1A4A4A1、A4A4A2A1、A5A4A4A1),全部分布于断奶后犊牛。2.对从陕西省杨凌、咸阳、铜川、汉中、宝鸡、渭南6个地区采集的371份(198份来自于奶牛,173份来自于秦川牛)犊牛粪便样品进行G.lamblia分子检测,总感染率为18.87%(70/371),其中奶牛感染率为20.71%(41/198),秦川牛感染率为16.76%(29/173),断奶前犊牛(1~2月龄)感染率为20.00%(40/200),断奶后犊牛感染率为17.54%(30/171)。基于TPI基因的DNA序列比对发现了集聚体E(62/70)和集聚体A(8/70)。集聚体E形成了17个集聚体亚型(E1~E17),其中E13~E17为本研究中新鉴定的集聚体亚型;集聚体A形成了一个集聚体亚型A1。基于TPI、BG、GDH和SSU rRNA基因的多位点序列分型结果显示,共有37份G.lamblia分离株在4个位点均扩增成功,分别形成9、9、5、2个集聚体亚型,构成25个不同的MLGs,其中22个集聚体E的MLGs分布于奶牛和秦川牛的犊牛,1个集聚体A的MLG分布于奶牛断奶前犊牛,2个集聚体A和E混合感染的MLGs,分布于奶牛犊牛。