运用文献资料、调查访谈、个案研究、逻辑分析及比较等方法，并借鉴哲学、高等教育学、高等教育管理学、比较高等教育、历史学、文化学、社会学、社会心理学、政治、经济学等多学科观点和方法，对所获得的资料和数据进行分析研究，得出以下结论：（1）闽台两地高等体育院校办学模式，尤其是高校体育教育专业的办学模式都有很大的相似之处；（2）闽台双方行政部门都已经出台相关政策来支持两地高校包括体育教育专业在内的多类专业合作办学，并且支持力度越来越大；（3）闽台两地高校体育教育专业合作办学是闽台体育事务交流与合作中重要的组成部分，将对闽台各项事业的合作与交流起到推动作用，故而显的非常必要；（4）闽台高校体育教育专业合作办学有诸多的影响因素，其中有利因素大于障碍因素。在此基础上，又对福建省部分已接收台湾学生就读的高校进行实证考察，综合分析之后，提出如下对策建议：（1）闽台高校体育教育专业合作办学应有体育行政机构、教育主管机构以及高校“两地六方”协调进行；（2）闽台双方，尤其是台方应进一步的拓宽两地高校体育教育专业合作办学的渠道；（3）闽台高校体育教育专业合作办学的实践和理论研究应同步进行，且不能间断。最后，在以培养人才为主的原则上，对闽台两地高校体育教育专业合作办学的模式进行探讨，认为:（1）为使闽台高校体育教育专业合作办学顺利进行，须在政府主导下成立一个专门的、中介性质的机构来进行具体的操作；（2）闽台高校体育教育专业合作办学的模式灵活多样，但不管什么样的模式，都应以学分的相互认可为前提，并力推学历的互认。