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本文采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对矮脚黄鸡，兴义矮脚鸡的Po、Pa、Alb、Tf-2、Tf-1、Amy-1、Es-1，Es-2等8个血清蛋白位点的多态性进行了检测；测定了屠宰、肉质性状的19个指标，结果表明，遗传分析，多态检出：除Pa位点在矮脚黄鸡表现为单态，在兴义矮脚鸡表现为多态外，其它七个血清蛋白位点在两鸡种均具多态性；各位点Hardy-Weinberg平衡状态分析：经x2适合性检验，矮脚黄鸡Alb、Es-1、Amy-1为平衡位点(p＞0.05)，Tf-2、Tf-1为高度不平衡位点(p＜0.01)；兴义矮脚鸡Alb、Es-1、Amy-1为平衡位点(p＞0.05)，Tf-1为高度不平衡位点(p＜0.01)，Tf-2为不平衡位点(p＜0.05)。两鸡种的Tf-2、Tf-1位点基因型频率偏离了Hardy-Weinberg平衡状态；群体遗传变异分析：平均有效等位基因数Ne，平均杂合度H：兴义矮脚鸡皆较大(1.8208，0.4381)，矮脚黄鸡较小(1.8011，0.4049)。反映了兴义鸡的遗传变异较大。
性能测定分析：两鸡种各性状比较，屠体性状：屠宰率：兴义矮脚鸡为87.21％，矮脚黄鸡为88.3％；胸腿肌率：兴义矮脚鸡为40.48％，矮脚黄鸡为42.31％。相比之下，矮脚黄鸡的产肉性能相对更好；肌肉理化性状：肌肉PH、肉色、大理石纹等指标两鸡种比较差异不显著，兴义矮脚鸡的贮存损失48h(t=-2.842，p=0.011)，剪切力(t=-2.616，p=0.025)，干物质(胸)(t=2.399，p=0.035)等指标都显著优于矮脚黄鸡。两鸡种肌肉氨基酸含量比较差异不显著，但兴义矮脚鸡的必需氨基酸(除苏氨酸外)及风味氨基酸—谷氨酸的含量皆高于矮脚黄鸡。说明兴义矮脚鸡在肉质、风味、贮存、加工能力等方面优于矮脚黄鸡；肌肉组织学性状：兴义矮脚鸡的肌纤维直径(胸)极显著地小于矮脚黄鸡的(t=-3.336，p=0.006)；肌纤维密度(胸)两鸡种间差异不显著；各性状在性别、部位间差异分析，性别间：多数屠体性状性别间有显著差异性。公鸡的活重、半净膛重、半净膛率、全净膛重、全净膛率等生长性状均极显著(p＜0.01)高于母鸡；腹脂率则为母鸡极显著(p＜0.01)高于公鸡。除粗脂肪含量，干物质含量(胸、腿)等公鸡显著低于母鸡(p＜0.05)；而多数肌肉理化指标主要如：PH、肉色、大理石纹等及肌肉组织学性状在公母间差异不显著；部位间：胸肌的熟肉率与干物质含量两个指标皆大于腿肌的，并且差异极显著(p＜0.01)。3.蛋白(酶)带型与性状相关分析及标记可信性验证对两鸡种各位点酶带型与性状指标相关分析，寻找生化遗传标记并运用MB法进行可信性验证：找到Pa-胸肌纤维直径(PaAB增效PaBB减效)Alb—肌肉剪切力(AlbF增效；AlbS减效)等两个标记。