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三疣梭子蟹是我国重要经济蟹类之一，肉质细嫩，脂膏肥满，味道鲜美，营养丰富。但是，由于过度捕捞，梭子蟹自然种群逐渐衰退。本研究分别以渤海地区三疣梭子蟹野生和养殖群体以及渤海、黄海、东海野生群体为研究对象，采用当前最有效的分子标记手段AFLP技术分析其遗传多样性及遗传分化情况，从而了解三疣梭子蟹生存和种质资源状况，为避免资源衰竭，确保有足够数量进行繁殖以及可持续利用，良种选育等提供基础性依据。
作者于2006-2007年用拖网分别从渤海湾天津海域采集了野生三疣梭子蟹30只，从青岛(黄海海区)和浙江舟山市莲花岛(东海海区)各采集了20只。样本经AFLP技术分析后，结果参考RAPD标记数据分析方法，将AFLP标记作为等位基因进行多态性研究。实验选用了TFPGA1.3和PopGene1.31两种软件进行结果分析。选择电泳后选择清晰的扩增片段进行数据统计，在相同迁移位置按每一个体扩增片段的有无,出观扩增带记录为1,无扩增带记录为2，个体每个扩增片段的等位基因数默认为2，输入TFPGA1.3软件计算以下参数：多态位点数，多态位点百分率，杂合度，种群间遗传近交系数Fst并根据遗传距离绘制UPGMA聚类图。将电泳图谱中扩增条带的有无转化为0，1原始数据矩阵采用PopGene1.31计算Shannon氏遗传样性信息指数，群体间遗传分化度，遗传距离等参数。主要结果和结论如下：
1.利用5对选择性引物对我国渤海地区三疣梭子蟹野生群体和养殖群体各30个个体进行了初步研究。五组引物共扩增出156个等位位点，多态位点99个。平均每组引物扩增出31.2个等位位点，其中19.8个多态性位点，占等位位点总数的63.46％。采用TFPGA1.3软件计算出两群体多态位点数，平均多态位点百分率及杂和度，分别为96，85；61.94％，59.44％；0.2317，0.1987，两群体遗传近交系数为0.1265。说明群体内的总的遗传分化中有12.65％是来自群体间的遗传变异。PopGene1.31软件计算出两群体的Shannons遗传多样性信息指数分别为：0.2372，0.2052。群体间遗传分化度Gst为0.1035。由以上结果可以看出，渤海地区三疣梭子蟹养殖群体与自然群体遗传多样性基本处于同一水平，两群体间出现了一定的遗传分化，但与群体内的变异比较，群体间的变异相对较小。
2.利用10对选择性引物组对我国三疣梭子蟹渤海、黄海和东海三个群体共60个个体进行了遗传多样性分析。共扩增出466个位点，多态位点360个。平均每对引物扩增出46.6个等位位点，其中36个是多态性位点。利用TFPGA1.3和PopGene1.31两种软件分析了群体内的遗传变异和群体间的遗传结构，计算不同地理种群的遗传距离，用UPGMA法构建了三个群体的系统发生树。渤海，黄海和东海群体的多态位点比例，Nei基因多样性指数和Shannon’S遗传多样性信息指数分别为59.83％，71.99％，63.18％；0.2510，0.2598，0.2483：0.3678，0.3822，0.3688。三个群体的遗传多样性均处于同一水平。群体间遗传分化系数Gst、Shannons遗传多样性信息指数表明，群体的遗传变异主要来源于群体内个体间。UPGMA聚类图显示黄海与东海先汇为一支再与渤海相汇，遗传距离显示黄海与东海为一个群体。
3.为了确保试验结果的准确性，作者选取E-AGA／M-CTG，E-ACG／M-CAG及E-AAC／M-CCT 3组AFLP选扩引物对07年采集的渤海野生三疣梭子蟹30个个体进行了重复性实验。引物组E-ACG／M-CAG对两次提取的基因组DNA分别进行了两次AFLP流程的重复，另两组引物分别对同批次提取的基因组DNA进行了四次AFLP流程的重复。三组引物四次重复结果误差很低，经统计学检测，差异不显著。