胡黄连玄参科的单种属多年生植物，为中国一喜马拉雅特有高山植物，分布于我国云南西北部、西藏海拔3600-4200 m的高海拔区域。胡黄连具有重要的药用价值，是常用的中、藏药，根状茎具有清湿热，除骨蒸、消疳热的功效。可能由于长期大量的采挖和全球气候变暖因素的影响，胡黄连资源量急剧下降，目前被收载在《中国珍稀濒危植物名录》、《国家重点保护野生药材物种名录》中，属于国家三级保护植物。近几年，对胡黄连的研究主要集中在化学成分分析以及药理研究方面，迫切需要对其进行保护遗传学以及质量评价研究，为其科学保护、合理利用提供理论基础。　　 本研究通过对胡黄连的花部结构、人工控制授粉实验以及传粉过程进行研究，基本明确了胡黄连的繁殖方式，即以异交为主，自交亲和，存在无融和生殖。异交往往发生在同株异花之间。栽培条件下，存在传粉媒介的情况下，结实率比较高。　　 对胡黄连的地上茎、根状茎、叶组织构造以及叶表皮进行了研究，结果表明胡黄连具有适应高山环境的特殊构造：地上茎皮层、韧皮部存在发达的机械组织；叶肉组织、地上茎的皮层及髓部、根状茎的皮层和髓部都分布有大量通气组织。对野生和人工栽培的胡黄连的原植物形态、药材性状和显微性状比较后发现，两者在原植物形态、药材性状和显微性状方面仅存在微小差异，初步判断栽培胡黄连达到药材质量标准，可以作为胡黄连药材入药。　　 应用ISSR分子标记和cpDNA trnL-F序列对7个野生胡黄连居群(4个来自云南，3个来自西藏)的遗传多样性和居群遗传结构进行了分析。两种方法的结果均表明胡黄连物种水平上中存在相当高的遗传多样性，而居群内的遗传多样性水平很低，不同居群间存在较大的遗传分化。这可能是由于喜马拉雅-横断山区的复杂地形造成的。聚类分析结果表明，7个不同地理居群按照地理区域聚成两类，但地区内部没有完全按照地理距离聚类。Mantle检验也表明，居群间的遗传距离和地理距离无确定的相关性。基于trnL-F测序结果，根据单倍型的地理分布、AMOVA分析和遗传距离划分了三个“进化显著单元ESU”。这三个ESU具有同样重要的地位，都需要重点保护。建议现阶段优先保护(白马雪山)BM和(波密)BMI居群。　　 本研究采用HPLC法对来自云南和西藏的7个产地胡黄连根状茎中的有效成分胡黄连苷Ⅰ和胡黄连苷Ⅱ的含量进行了比较，并首次对云南两个产地的胡黄连叶中胡黄连苷Ⅰ和胡黄连苷Ⅱ的有无及含量进行了分析。　　 结果表明各地所产胡黄连根状茎中有效成分胡黄连苷Ⅰ和胡黄连苷Ⅱ的含量存在明显差异，西藏所有产地的胡黄连中胡黄连苷Ⅰ含量高于云南所有产地，云南所有产地的胡黄连中胡黄连苷Ⅱ含量又高于西藏所有产地的。两地胡黄连叶中胡黄连苷Ⅰ的含量高于所有产地根状茎。