三峡库区库尾紧邻长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区，库区以下为中下游江湖复合生态系统，鱼类物种丰富，对长江水生态系统生态服务功能的发挥具有重要作用。本文以三峡库区鱼类早期资源补充过程及主要种类遗传多样性为研究对象，采用DNA条形码技术对三峡库区鱼类早期资源进行物种鉴定，掌握三峡库区鱼类早期资源种类组成、资源量、繁殖环境需求、产卵场分布等特征，揭示三峡库区鱼类早期资源的补充规律;同时，对主要种类的遗传多样性进行研究，了解其遗传现状;此外，通过对三峡坝下宜都江段和分流洪道松滋河进行鱼类早期资源研究，了解三峡库区对坝下鱼类资源的补充作用。本论文的研究结果主要如下:　　1.以长江流域154种鱼类为研究对象，检测DNA条形码技术在这些类群中进行物种鉴定的可行性。利用线粒体中Cyt b和COI两个基因进行DNA条形码研究均显示，种间遗传距离显著地大于种内遗传距离，物种鉴别率均在90％以上。由此说明DNA条形码对于长江流域鱼类物种鉴定是有效的，且相较而言，Cyt b基因比COI基因更适合作为长江流域鱼类物种鉴定的标记基因。同时以长江流域多个江段所采集的鱼类早期资源为研究对象，利用Cyt b基因对这些江段的鱼类早期资源进行鉴定显示该方法能高效地进行物种识别，并能使这些江段鱼类早期资源物种多样性的分析更准确。　　2.三峡库区鱼类早期资源补充量丰富，且库区鱼类早期资源对坝下的长江中游仍有一定的补充作用。2016年忠县江段鱼卵和仔鱼总径流量是1110.04×108粒·尾，种类有50种。2013年和2014年宜都断面仔鱼总径流量分别为62.74×108尾和63.67×108尾，仔鱼种类共有43种，根据发育期推算，这些仔鱼应该主要来自三峡库区及上游的产卵场。此外，长江对于洞庭湖鱼类早期资源具有重要的补充作用。2013年和2014年松滋河共采集到鱼卵和仔鱼41种，其中16种为江湖洄游性鱼类。2013年江湖洄游性鱼类鱼卵和仔鱼总资源量为32.4×108粒·尾，占2013年总资源量的97.0％;2014年江湖洄游性鱼类鱼卵和仔鱼总资源量为1.84×108粒·尾，占2014年总资源量的94.6％。　　3.选用线粒体Cyt b基因和微卫星(SSR)分子标记，对三峡库区鲢和草鱼种群遗传多样性分析表明:三峡库区鲢和草鱼均具有较高的遗传多样性，且都表现出在三峡库区不同地理种群中存在不同程度的分化。对鲢种群而言，三峡库区四个地理种群（忠县、木洞、丰都和万州）中木洞江段遗传多样性最高;万州与丰都江段鲢出现了中度分化，其余地点鲢种群之间暂无分化。对草鱼种群而言，三峡库区三个地理种群（忠县、木洞和万州）中万州江段最高;木洞、忠县和万州草鱼群体两两之间存在低等到中等水平的遗传分化。　　4.通过个体间亲缘关系的分析，并结合亲鱼产卵量，提出一种利用分子手段估算鱼类早期资源量的方法。通过该方法对三峡库区忠县江段鲢早期资源量进行估算显示，2016年采样期间鲢的繁殖发生量为15.28×108尾，与传统早期资源量估算方法估算的资源量(12.86×108尾)相差不大。对三峡库区忠县江段草鱼早期资源量进行估算显示，2016年采样期间草鱼的繁殖发生量为15.49×108尾，与传统早期资源量估算方法估算的资源量（13.48×108尾）相差不大。由此表明利用分子手段估算早期资源量的方法是可行的。　　5.选取Cyt b和SSR两种分子标记对2016年忠县江段贝氏（魚）和小眼薄鳅进行遗传多样性和种群历史动态分析。分析表明(1)忠县江段贝氏（魚）遗传多样性较高(单倍型多样性Hd=0.996，核苷酸多样性Pi=0.00614;期望杂合度为0.5835)。中性检验和错配分布表明忠县贝氏餐种群稳定，进化历史悠久，历史上出现过扩张。(2)忠县江段小眼薄鳅遗传多样性较高（单倍型多样性Hd=0.948，核苷酸多样性Pi=0.00435;期望杂合度为0.7384）。中性检验和错配分布表明忠县小眼薄鳅种群经历了瓶颈效应后的种群扩张。