对影响RAPD扩增图谱的5个因子：Primer浓度、模板浓度、dNTPs浓度、Taq酶用量和Mg²⁺浓度设计了5个水平，再通过正交分析表组建了25个反应体系，然后根据可辨识的电泳条带进行正交实验表中各组结果的统计，建立起小麦白粉病菌的RAPD分析优化体系。结果表明：在试验范围内，5个因子中对扩增结果的影响由大到小依次为Primer浓度、模板浓度、dNTPs浓度、Taq酶用量和Mg²⁺浓度。在反应体系中，各项因子最适浓度为：引物浓度2.0μmol／L，模板浓度5ng，dNTPs浓度0.1 mmol／L、Taq酶用量1.5U，Mg²⁺浓度2.0mmol／L。 在所得的RAPD优化体系的基础上，采用集群分析法（BSA），分别对小麦白粉菌交配型和白化性状进行了多态性分析。结果表明，在520条随机引物中有478条单引物能扩增出条带，占扩增引物总数的92％，扩增片段在300-2000bp之间。对交配型性状，有24个引物或引物组合在DNA池中扩出多态性条带；对白化性状，有15个引物扩出多态性条带，但只有两个RAPD标记，OPQ03₇₇₅和OPQ09₆₈₅可能分别与交配型和白化性状相关。将这两个RAPD标记片段克隆，序列分析显示：这两段序列与目前已知的任何序列都没有同源性，且只有OPQ03₇₇₅有较长的开放式阅读框架。根据克隆片段末端序列设计引物，成功的将RAPD标记转化为更为稳定的SCAR标记。标记OPQ03₇₇₅能在7个已知交配型菌株中扩增出特异性条带，在由34个野生菌组成的菌群中的出现与否符合1：1的比例，跟交配型分布的理论值一致；标记OPQ09₆₈₅在白化和正常菌株的43个杂交后代中与白化性状的交换率是25.6％，经软件MAPMAKER3.0计算，遗传距离为15.2cM，表明该标记与白化性状有一定的连锁性。 从大麦白粉菌已克隆的174个基因中调出20个与大麦互作的基因，并从中选取了4个基因：BIG2，大麦诱导表达基因，在侵染初期起调控作用；Car1，过氧化氢酶基因；CLg，与大麦白粉菌的毒力，侵染及附着胞形成相关；gp16，大麦白粉菌萌发蛋白基因。根据基因序列设计特异性引物对小麦白粉菌基因组扩增，只有引物对Cat1p扩出特异性条带。将该片断回收克隆测序，序列分析显示该片段全长669bp，编码172个氨基酸，与大麦白粉菌的相应片段的序列相似性为93％，该区域位于过氧化氢酶功能域编码区。