自由现金流在企业的经营中占据着重要的地位,它不仅流动性强而且对企业未来的发展也起到至关重要的作用。近年来国内外学者极为关注自由现金流在企业中的运用。在我国经济迅猛发展及股权改制的社会背景下,自由现金流量作为企业的巨额留存,在委托代理的经营模式下,通过企业之间各关联方的博弈,对企业经营绩效有着显著的影响。通过近年被爆料的中国上市公司尤其是国有上市公司普遍存在的过度投资、在职消费、盲目创建商业帝国的事实中,不难发现对自由现金流带来的代理成本问题存在于中国的上市公司中。而作为公司治理延续的自由现金流假说会给企业带来怎样的影响,公司治理机制的完善对自由现金流管理的约束又有怎样的作用,成为学者们共同关心的问题。自由现金流量的本身并没有正面或者是负面的“色彩”,关键在于企业董事会及管理层对其的运用。本文通过对公司治理指标的研究来验证不同的公司治理效力是否对企业自由现金流的运用起到一定的引导和约束效力,从而降低自由现金流带来的代理成本,提高企业经营绩效。首先,本文对公司治理及自由现金流进行了相关的概念界定,并且梳理了与自由现金流相关的基础理论,如委托代理理论、代理成本理论等。另外综述了现存的自由现金流的研究成果。其次,本文通过描述性统计分析了我国上市公司制作行业自由现金流量的行业水平,比较分析了以电力行业为代表的垄断性行业的自由现金流量。再次,本文从沪深上市的制造企业随机选取300家作为样本数据,从两职分任、股权性质、股权集中度、独立董事与高管薪酬等公司治理指标入手,选取2006-2010年股改之后的数据,运用SPSS17.0软件对数据进行相关分性回归分析,实证研究了公司治理、自由现金流与企业绩效之间的关系。研究发现：两职分任、国有控股和非国有控股的上市公司中股权集中度过高都不利于自由现金流的管理,对企业未来年度的经营绩效有负面的影响。最后根据理论分析和实证研究的结果提出了相应的宏观层面与公司治理层面的政策建议。