2015年底召开的中央经济工作会议提出要推进供给侧结构性改革应对经济和社会发展的新常态,财税体制改革是公共财政供给侧改革的重要方面。高等学校的管理工作和老师们日常教学科研工作、经费执行中遇到的很多收入、支出相关问题表面上看是财务管理问题,实际源于政府财政资源配置模式和资金管理方式顶层设计的不合理。本文以系统论为主要指导思想,综合公共财政理论、资源配置和教育经济学理论研究公共财政如何对普通高等本科院校配置资源。全文遵循提出问题、理论分析、经验分析、理论推导、参数测算、实证分析的研究思路。在对高等教育财政资源配置的国际经验进行分析总结的基础上,将高等教育财政资源配置的行政过程放到高等教育系统发展整体协调的角度考察,在系统性、整体性思维框架下分析了高等教育系统的结构特征和演化动力,高等教育服务提供子系统的结构和组织形式、资源配置方式,决定系统发展演化的序参量,通过序参量的求解过程分析高等教育财政资源配置的影响和考虑因素及政府配置资源在系统发展中的角色定位,进而提出高等教育财政资源配置的考虑因素框架。高等教育系统由政府管理子系统、社会需求子系统和服务提供子系统组成。高等教育系统发展演化具有非线性、不确定性和适应性的特征。高等教育系统中同时存在自组织和他组织。自组织是主导高等教育系统发展的核心驱动力,高等教育系统发展是在自组织和他组织的共同作用下螺旋上升的过程。高等教育系统平稳发展的理想状态是输入的物质、能量和信息能够适时合理满足系统内部主体的发展需求,使得系统中主体的自组织活力得到充分释放,同时又不会受到他组织的束缚,无形中以一种积极的状态沿着他组织目标和路径发展,自组织和他组织形成协同效应。这也是公共财政资源配置应遵循的基本原则。高等教育服务提供系统是高等教育系统的子系统,其本身组成又包括人才培养子系统、科学研究子系统、行政后勤子系统和社会服务子系统。通过复杂系统的探索图分析法寻找影响几个子系统发展的序参量。结果显示社会对于高层次人才的需求和学校现状是人才培养子系统自组织演化的序参量。社会发展对于知识创新的需求和高等学校的科研基础是科研子系统自组织演化的序参量。社会对高等学校服务需求和高等学校的服务能力是社会服务子系统自组织演化的序参量。高等教育财政资源配置作为政策参数的一个重要组成部分,并不能决定高等教育系统的发展方向。财政资源配置的方式和参数可以加快或延缓系统的发展,但不起支配作用。财政资源配置的过程应尽量避免以快弛豫变量的形式存在,短期内对系统造成冲击。通过把握高等学校发展过程中的资金需求规律,顺势引导,通过高等教育系统自身的自组织,加快系统的演化进程。根据序参量的探索过程总结高等教育财政资源配置的考虑因素框架。框架中人才培养的财政资源配置考虑5个一级因素,8个二级因素。一级因素包括学校现状、教学资源、教学活动、办学定位和政策导向。科学研究财政资源配置考虑5个一级因素,7个二级因素。一级因素包括科研基础、科研资源、科研活动、办学定位和政策环境。给出财政资源配置依据的参数体系,并对参数进行分类。根据参数的获得途径将高等教育财政资源配置依据参数分成内部参数和外部参数。内部参数包括各种类型各种层次的学生自然人数、学科生均培养成本、生师比、对资金的使用计划和需求。外部参数包括不同学科、不同层次、不同类型学生之间的折合系数,学校办学的规模经济和范围经济水平,以及对学校办学质量的评估结果等。以属普通高等本科院校二级学院的数据为样本,通过构建多产出二次成本函数模型对高等教育财政资源配置依据的内部参数进行测算。对本科生、硕士生和博士生的折合系数的测算和分析结果表明:(1)在不考虑科研支出和折旧的情况下,本科生、硕士生和博士生的综合折合系数小于《高等学校教育培养成本监审办法(试行)》等官方文件规定的折合系数,且硕士生和博士生的折合系数差距不大,说明硕士生和博士生的培养成本差异主要体现在科研环节和硬件需求。(2)在分别考虑科研支出和折旧的情况下,综合折合系数和官方折合系数相近。但学科不同折合系数存在较大差异。由于折合系数是高等教育财政资源配置中的重要参数,为体现学科差异,在资源配置过程中应针对不同类型的学科采用不同的折合系数。对规模经济和范围经济的分析研究表明:经过“十五”“十一五”期间的扩招,普通高等本科院校本科生模经济总体处于较低水平,且高校之间存在较大差距,学科发展不平衡,新时期内涵发展的要求还有待进一步落实。对高等教育财政资源配置依据的内部参数进行测算。分学校、分学科考虑本科生培养成本。样本高校类型分为四类,理工类教学型大学、理工类教学研究型大学、人文类教学型大学和经管类教学研究型大学。学科类型分为三类,经管类、理工类和人文类。分析结果显示:(1)生均培养成本的高校间差异远大于学科间差异。(2)研究型大学的工资福利支出占比低于教学型大学,折旧占比高于教学型大学。在拨款标准相同的情况下,研究型大学的人员支出的水平低于教学型大学。(3)公共财政基本拨款中人员经费和公共经费比例设置不合理。最后对北京市属普通高等本科院校财政资源配置现状进行梳理,对问题进行分析,并从加快转变政府职能,进一步简政放权,优化高等教育公共财政资金分配结构,建立三位一体的财政资源配置模式,促进形成社会需求、政府管理、资源配置和高校建设协同发展的良性循环三个方面提出政策建议。