高校依托自身优势组建校办企业,一定时期内在多渠道筹集教育经费、改善办学条件、促进科技成果转化、创新人才培养模式等方面发挥了重要作用。但校办企业同时存在监管不力、公司治理结构不完善、资本运营效率低下等问题,给高校资产安全带来一定风险。为防范高校财务风险,让高校将重点放在教学科研上,国家要求高校将与教学科研无关的企业清理脱钩。同时,为促进我国科研事业的发展,加快科研成果转化,国家还鼓励以科研成果在企业入股。本文以高校无形资产入股为切入点,并结合产权理论、股权激励理论、企业价值理论等,对高校校办企业等概念进行梳理。并以S高校为例,通过文献研究、调查问卷并结合工作实践,对S高校现有无形资产和无形资产所有权的分类分析,结合S高校校企分离和无形资产入股的现状,指出了S高校在无形资产入股时存在无形资产的权属不清、价值体现不充分、使用效率不高、高校主体责任履行不充分等问题。针对S高校无形资产持股存在的问题,提出理顺管理体制、实现校企分离、建立无形资产价值评估和动态调整机制、培养复合型人才、鼓励科研成果转化、落实高校主体责任等建议,并建议从政策环境、组织制度、资金人员三个方面予以保障。