农村集体经济组织的主体虚位化问题日益成为制约我国农村经济发展和农业产业化提升的制度瓶颈。因此，在尊重我国基本国情和农村经济发展的客观现实基础上，探寻现有农村集体经济组织的存在合理性和制度潜力，总结各地实践模式的经验教训，找到一条兼具普适性和制度特殊性的农村集体经济组织主体法人化改造之路就显得格外重要。第一部分对现有农村集体经济组织进行反思，探讨其主体法律制度改造的必要性。首先，从含义、历史、制度和法律关系四个角度对农村集体经济组织进行反思，明确我国特有的农村集体经济组织实质上是政府对农村经济进行控制与资源再分配的历史产物，是一个经济控制和极权主义下的乌托邦。其次，中国现存的基本体制矛盾和基本国情矛盾以及农村集体经济组织所具有的三大制度价值决定必须对其保留，同时其严重的主体虚位化问题促使我们思考对其进行主体法律制度改造。第二部分对农村集体经济组织主体法律制度创新的路径选择标准进行了探讨。首先，从制度经济学和法经济学的视角明确法律制度创新的路径选择一般标准。其次，探讨特殊国情下的标准，即坚持立足本国国情，保持和加强其社区性质，完善改革成果的公平分享。最后，明确检验农村集体经济组织主体法律制度创新好坏的三大标尺，即社会主义公有制、集体土地所有制度以及土地规模化经营。第三部分确定建立社区导向型股份合作制法人是农村集体经济组织主体法律制度改造之路。首先，要解决的前提性问题就是改造后的农村集体经济组织的法律定位，是非法人团体还是法人组织？笔者认为赋予其独立的法人身份是历史的必然选择。其次，通过探讨其他模式的不合理性，股份合作企业相关问题研究，社区导向型股份合作制法人的特征及其合理之处以及该模式适用范围的局限性，确定改造农村集体经济组织的路径就是建立社区导向型股份合作制法人。第四部分论述社区导向型股份合作制法人法律制度创新的具体内容。首先，对现行农村股份合作模式，成效以及制度创新中所暴露的问题进行归纳。其次，主体人格制度的改造就是确立带有强烈社区性的特殊法人民事主体。再次，组织财产制度创新就是采取“四步走”的战略进行产权制度改革以推进股份制创新。最后，组织治理结构的创新主要采取的是内外双向完善的路径。内部完善主要依靠内部组织机构的设置、内部表决机制的健全、内部利益分配机制的多元化，外部完善关键在于如何处理好其与村委会之间的关系。第五部分论述农村集体经济组织主体法人化改造的立法构想。首先，论述立法的必要性，主要从农村集体经济组织的现状呼唤立法、现行法律缺陷亟需立法、社区导向型股份合作制法人形态法定要求立法三个层面进行探讨。其次，论述立法的初步构想，明确立法形式应该采用单行法，并对实践中暴露出来的需要立法加以明确的几个问题以及具体框架加以论述。