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保证基因库中种质资源的安全保存和科学更新，确保种质在贮藏及更新过程中维持其遗传完整性是种质安全保存研究的最核心课题。因此开展基因库异质种质材料遗传完整性变化影响因素的研究具有非常重要的现实意义。本研究选用不同老化程度、不同更新发芽率水平和不同繁殖世代数的棉花种子为材料，应用cDNA-AFLP技术来分析种子老化造成的棉花种质基因差异表达，进而分析种子老化的机理，以及利用SRAP分子标记技术和SSR分子标记技术研究常异花授粉作物种质资源在更新过程中，不同更新发芽率水平和不同繁殖世代数的老化棉花种质遗传完整性的变化情况，为制定棉花种质更新时的发芽率标准和繁殖方法提供实践依据，也为其它常异花授粉作物的更新提供参考，以确保常异花授粉作物种质资源世代安全更新，为基因库贮存种质发芽率更新标准和最佳繁殖更新方法的制定提供科学的理论和实践依据。主要结论如下：
1．利用cDNA-AFLP技术分析老化棉花种子的基因差异表达，根据带型可将得到的差异片段分为5个类型，分别回收、克隆7个差异片段并利用BLASTN和BLASTX程序与网上数据库(NCBI，National Center for Biotechnology In：formation)进行同源性分析。其中一条在对照、老化16周、28周种子共有的片段与欧洲板栗(Castaneasativa)核糖体蛋白L33和拟南芥(Arabidopsis thaliana)核糖体结构组分蛋白具有同源性；对照种子特有的一条片段与拟南芥(Arabidopsis thaliana)中氧化还原酶和水稻(Oryza sativa)2-硝基丙烷双加氧酶相关蛋白具有同源性；在老化36周种子特有的4条片段中：1条与水稻中被公认的三肽基酶II蛋白具有同源性，而其他3条的同源序列功能不详；此外，老化16周种子特有的一条片段无明显同源序列。
2．利用SRAP和SSR分子标记检测29份棉花种质遗传完整性。结果表明，无论每一份不同更新发芽率水平繁殖后代的种质之间，还是每一份不同繁殖世代数种质之间，其等位基因频率差异不显著，也没有检测到稀有等位基因缺失的情况。本试验表明不同更新发芽率水平和繁殖世代数差异两因素没有对棉花这种常异花授粉作物种质遗传完整性变化产生影响。