独立学院作为我国特有的一种以公立高校为基础、充分吸收社会资金力量的全新的办学形式，在不增加国家教育经费预算的前提下，有效的提高了我国优质高等教育资源的利用率，很好的缓解了我国社会现存的人民日益增长的接受高等教育的需求与贫乏的高等教育资源之间的矛盾，与此同时，又为我国快速增长的经济、文化建设提供了既有数量又有质量的各方面人才。我国的独立学院，自它的前身——1999年出现的江浙地区的二级学院问世以来，历经十余载的发展和演变，已经成为我国高等教育的重要组成部分。为了规范和促进这种自下而上的全新的高等教育办学形式的发展，国家教育部分别于2003年、2008年颁布实施了《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》以及《独立学院设置与管理办法》（第26号令）两部颇具影响的法令，其中，后者由于第一次对于独立学院的设置标准和办学资质等重要方面做出了具有强制力的硬性规定，而产生了相对更大的影响并得到了更为广泛的关注。本文通过对《独立学院设置与管理办法》政策的逐条分析，结合其颁布实施五年多来各地独立学院的实际执行情况进行研究，首先展示它的实施过程中目前面临的困境，而后通过分析尝试找出造成这些困境的内部和外部原因，并进行深入探究，最终提出解决问题的的建议和方法。