鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma, NPC)具有显著的地理和种族分布特征,是我国南方及东南亚地区最常见的恶性肿瘤之一,具有发病部位隐匿,早期症状不明显,容易延误诊断等临床特点,发病率和死亡率均居头颈部恶性肿瘤之首。其病理组织学类型以低分化或未分化癌多见,约占NPC初诊病例的97%以上。目前的研究结果认为NPC的发病与遗传因素、EB病毒感染和环境因素有关,但不同分化程度的NPC发病机制仍不清楚。蛋白质组学作为一种高通量研究手段,能广泛覆盖研究对象某个病理生理阶段下的蛋白质组,获得全面的新的信息；比较同一研究对象不同状态下的蛋白质组差异,能为研究病因发病学和寻找新的有效的诊断和治疗标志物提供新的手段。长久以来,鼻咽癌组织的蛋白质组学研究局限于正常鼻咽上皮和单一组织学类型的低分化或未分化鼻咽癌组织间的比较分析。高分化鼻咽癌的新鲜组织标本在短时期内难以收集,成为研究NPC分化机制的瓶颈。近年兴起的以福尔马林固定-石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded, FFPE)组织为研究对象的蛋白质组学打破了长久以来蛋白质组学以新鲜冰冻组织标本为研究对象的传统模式,创新性地提出“FFPE组织标本可以替代新鲜组织用于蛋白质组学研究,进行肿瘤标志物和治疗靶标的搜寻工作”。FFPE组织标本与新鲜组织标本相比,最大的优势在于丰富的库存资源和完善的诊断治疗预后等临床资料,因此,FFPE蛋白质组学具有传统蛋白质组学不可比拟的优越性。本研究借助FFPE组织丰富的库存优势,首次针对三种不同分化类型的鼻咽癌组织进行了定量蛋白质组学研究,建立了鼻咽癌不同分化类型的差异蛋白质组数据库。采用的是SDS组织裂解液萃取FFPE组织蛋白质,结合iTRAQ标记定量技术和2D LC-MS／MS蛋白质组学技术路线。这也是首次将iTRAQ标记技术应用于SDS裂解液萃取的FFPE组织来源的蛋白质组。实验结果表明,所得到的鼻咽癌FFPE组织的蛋白质组与新鲜组织来源的无明显差异。经免疫组化和Western blot验证,iTRAQ标记定量技术与FFPE组织来源的蛋白质兼容,并且定量数据准确可靠。研究得到了730个非冗余蛋白质,其中531个有定量信息,随鼻咽癌分化程度降低而表达上调的141个,表达下调的140个,呈波动性变化的157个。运用Cytoscape软件从中筛选出146个与“cancer AND differentiation”密切相关的差异蛋白质,并得到鼻咽癌分化相关蛋白质的相互作用网络图。根据GO分类将定量蛋白质按细胞组份、分子功能、生物学过程进行分类,将三类不同分化程度的鼻咽癌组织中表达的蛋白质串联成一幅动态变化的图谱,发现随着NPC分化变差,细胞生长增殖加速、细胞凋亡减少、免疫防御机制减弱、DNA修复失效、能量代谢更旺盛。另外,根据差异蛋白质编码基因的染色体定位分类,能找到参与鼻咽癌分化过程最活跃的染色体区域。其中12号染色体上聚集了最多的随鼻咽癌分化程度降低而表达升高的蛋白质编码基因,约占表达升高组的10.6%。本研究首次以鼻咽癌FFPE组织为研究对象建立了鼻咽癌分化相关的蛋白质组数据库,为研究鼻咽癌分化的分子机理和挖掘鼻咽癌治疗靶标奠定了基础。FFPE组织蛋白质组学技术路线的成功建立为鼻咽癌蛋白质组学研究开拓了更广阔的研究领域。