人体体液/组织差异性甲基化片段的筛选

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研究背景现场生物检材的组织来源鉴定是法医学检验的一项重要内容。传统的法医学鉴定方法存在诸多不足。虽然近年来有学者根据不同体液和组织间基因的差异表达,利用mRNA或microRNA进行体液和组织鉴定,取得了较好效果,但因RNA不如DNA稳定,故对陈旧或腐败样本不适用,且仍需消耗额外样本,不利于微量生物检材的组织鉴定,故探索新的鉴定方法和指标极为必要。现代表观遗传学理论和技术的发展为从DNA甲基化水平进行法医学体液和组织鉴别提供了可能。大量研究证实,哺乳动物不同组织间存在众多的组织特异性差异甲基化区,由此赋予各种细胞和组织特异性的DNA甲基化谱,不同组织细胞具有不同的DNA甲基化模式,理论上可区分组织细胞类型,这为利用DNA甲基化标记进行法医学体液和组织鉴定奠定了理论基础。若能探明机体组织在DNA甲基化水平的变化规律,建立人体体液/组织特异的甲基化表达模式,则有望获得一种全新的推断基因水平和组织来源相关性的新方法和新思路,从而显著提高法医学鉴定水平。目的通过在全基因组范围内筛选出不同体液和组织间的差异性甲基化位点,为进一步筛选更多组织及体液特异性的甲基化靶位点及利用这些靶位点建立高效、灵敏的法医学体液和组织来源鉴定方法打下基础。方法以常见的法医学体液和组织检材(包括血液、脑、肌肉、皮肤、肝脏、阴道分泌物等)作为研究样本,提取基因组DNA。用MSREHpaⅡ对所选样本基因组进行酶切消化,酶切片段连上接头后进行PCR扩增获得酶切片段的扩增产物。先以血液的酶切片段扩增产物作为Tester,其他5种组织样本(脑、肌肉、皮肤、肝脏组织、阴道分泌物)的酶切片段扩增产物作为Driver进行正向消减杂交。经过2~3轮的消减杂交,即可得到血液相对其他5种组织的差异甲基化DNA片段。再以其他5种组织样本(脑、肌肉、皮肤、肝脏组织、阴道分泌物)的酶切片段扩增产物作为Tester,血液酶切片段扩增产物作为Driver进行反向消减杂交,获得其他5种组织样本相对血液的差异甲基化DNA片段。将正交Tester改换为肌肉组织后,以同样的方法进行正反向消减杂交,以获得肌肉相对其他5种组织(脑、血液、皮肤、肝脏组织、阴道分泌物)的差异甲基化DNA片段和其他5种组织相对肌肉的差异甲基化DNA片段。最后,再对筛选出的四组差异性片段进行纯化、克隆、测序后,用BLAST软件与GenBank中的序列进行比对,鉴定并分析候选靶片段。结果利用甲基化敏感的HpaⅡ内切酶通过正、反向消减杂交,初步筛选出5条在血液和其他5种组织样本之间存在甲基化差异的候选靶片段;11条在肌肉和其他5种组织样本之间存在甲基化差异的候选靶片段。结论人体血液及肌肉组织间的DNA甲基化存在一定差异性。本课题筛选出的部分靶片段为进一步利用DNA甲基化差异性片段鉴别人体多种体液/组织来源打下了基础。
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