塔里木河胡杨内生细菌的多样性分析及一株潜在新种的多相分类学鉴定

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本论文对塔里木河主河道胡杨林胡杨可培养内生细菌的多样性进行研究。采用LB,NB,KA,R2A,TSA等五种培养基从两个采样位点的六棵胡杨树茎秆内存液中共分离到167株细菌。细菌种群数量分别为8×10~7cfu/ml(TSA),1.6×10~7cfu/ml(NB),1×10~7cfu/ml(LB),2.2×10~7cfu/ml(KA),0.64×10~7cfu/ml(R2A)。16S rRNA基因序列系统发育分析结果表明,167株菌分别属于细菌域4大系统发育类群, γ-变形菌纲(Gamma-Proteobacteria)、 α-变形菌纲(Alpha-Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)。其中属于变形菌门γ-亚群的细菌为108株(64.7%),包括Pseudomonas、Aeromonas等8个属。属于厚壁菌门的细菌为39株(23.3%),包括Bacillus、Aerococcus等6个属;属于放线菌门的细菌为11株(6.6%),包括Nesterenkonia、Kocuria和Sanguibacter这三个属;属于α-变形菌门的细菌为9株(5.3%),包括Rhizobium和Roseomonas这两个属。共分为19个属39个物种。假单胞菌(Pseudomonas,38.9%)是该胡杨林区胡杨内存液的优势菌群。菌株RK7-2,W9,W13,RN7,W22,W17,RL5,RT17-2,RL21,RN3-2,RT4,RT41,RN23-4的16S rRNA基因序列与其最相似菌株的同源性为低于98.7%,初步认为是潜在的新种。可知塔河主河道胡杨茎杆内存液中内生细菌种类较多,具有较高的内生细菌资源。对潜在新种ML-64的多相分类学鉴定结果表明,菌株ML-64为革兰氏阳性菌,杆状,产生芽孢。在TSA固体培养基上培养48h后,菌落为圆形,直径2.0-4.0mm,淡黄色,表面光滑。菌株生长温度范围为10-45℃(最适37℃),pH范围为7.0-9.0(最适pH7.0),NaCl浓度范围为0-6%(w/v)(最适0-3%)。在含有0,25,50mM硼酸的LB固体培养基上能生长。菌株ML-64的碱性磷酸酶,类脂酯酶,酸性磷酸酶,萘酚-AS-BI-磷酸水解酶, α-半乳糖苷酶, β-半乳糖苷酶,β-葡萄糖苷酶,精氨酸双水解酶,脲酶,色氨酸脱氨酶,氧化酶,过氧化氢酶活性为阳性。VP-实验为阳性。在API50CH酶活性检测实验中菌株不能发酵任何糖类。可利用的碳源有: L-丝氨酸,丙酮酸甲酯,α-酮-丁酸,乙酰乙酸。对多粘菌素B(30μg)、新生霉素(30μg)、青霉素G(10U)不敏感。16S rRNA基因序列分析结果表明,菌株ML-64与Lysinibacillus massiliensis,Lysinibacillusxylanilyticus,Lysinibacillus odysseyi有最密切亲缘关系,序列相似性分别为97.14%,97.11%,96.68%。菌株ML-64与Lysinibacillus xylanilyticus XDB9T,Lysinibacillus massiliensis CIP108446T之间的杂交率分别为22.2%,50.9%。基因组DNA(G+C)mol%含量为36.8%。菌株ML-64全细胞占优势脂肪酸类型为anteiso-C15:0(20.70%)和iso-C15:0(55.05%),醌组分类型是MK-7。基于表型特征,遗传型特征和系统发育分析,提议菌株ML-64是Lysinibacillus属的一个新种,命名为Lysinibacillus Tograkense。
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