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长白落叶松是我国重要的用材林树种之一,不仅应用于荒山造林,还应用作建筑用材,造纸原料等。以生长性状和木材性状为指标进行优良无性系筛选,对实际应用具有重要意义。另外,木材中的木质素含量对造纸工艺具有重要影响,严重阻碍造纸过程中纤维素的利用并对环境造成破坏,因此,关于木质素含量的相关研究对造纸工艺具有重要意义。本研究以吉林省四平市林木种子园208个长白落叶松无性系为研究对象,分别进行生长性状,木材性状测量,优良无性系综合评价;并筛选出与木质素合成相关基因(PAL)的SNPs,通过关联分析找到与表型性状高度关联的SNP位点,为优良无性系的评估提供技术支持,也为长白落叶松分子育种过程中的标记位点选择提供理论依据。关于208个长白落叶松无性系的研究分析其生长性状(树高、胸径、通直度、材积),生长性状的方差分析结果显示,各性状的差异均达到了极显著水平,生长性状的表型变异系数和重复力的范围分别是9.34-51.78%和0.362-0.849。利用生长性状(树高、胸径、通直度)均值分析统计数据进行综合评价,以5%入选率筛选优良无性系,L70、L56、L82、L90、L59、L91、L61、L92、L86和L64入选,入选无性系的参选性状遗传增益分别为28.69、17.96和0.67%。有关208个长白落叶松无性系木材性状(木材密度、纤维长、纤维宽、灰分、木质素含量、纤维素含量、半纤维素含量、综纤维素含量)的方差分析结果显示,除木材密度和灰分外,其他指标总体差异均极显著;木材性状表型变异系数和重复力范围分别是12.09-35.33%和0.218-0.930;关于生长性状和木材性状的相关性分析结果显示二者间无明显的相关性;综合评价过程中,以木材性状(木材密度、纤维长、纤维宽、木质素含量、纤维素含量、半纤维素含量)作为参考指标,5%入选率,L88、L305、L59、L66、L253、L304、L277、L298、L248和L293被选作优良无性系,除木质素含量外,其他各项遗传增益分别为4.14、3.64、9.28、6.77和9.61%。木质素合成相关的PAL基因共筛选出11个SNP位点,均位于外显子上,转换型位点7个,颠换型位点4个;同义突变5个,非同义位点6个。各无性系间PAL基因遗传距离范围为0.000-0.035cM,其中,L287与L102的综合遗传差异最大。PAL基因核苷酸多态性Pi值0.00340,多样性程度较高;关联性分析结果表明,筛选出的11个SNP位点中,与木材含量关联显著的位点有4个,分别为SNP116、SNP922、SNP1150和SNP1186,且均属非同义突变位点,其中,SNP116(T-C)突变基因型CC木质素含量较野生型TT低,而SNP922(C-A)、SNP1150(A-C)、SNP1186(T-G)突变基因型与野生型相比,木质素含量均较高。