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基因芯片,亦称为DNA芯片或DNA微阵列,是指采用原位合成或点样等方法将核酸探针固定于固体支持物表面,从而形成核酸探针阵列,然后与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号来实现对生物样品的高通量检测和分析。基因芯片是由传统的核酸杂交结合微电子技术发展而来,其原理是基于核酸碱基互补配对的原则,基因芯片的关键在于将大量核酸探针有序的排列在面积很小的载体材料上并与标记的样品核酸进行杂交,从而获得大量生物信息。该技术可应用于高通量基因表达分析、大规模DNA序列分析、基因多态性分析等,在临床医学检测中适合检测病源微生物的基因多态性,包括基因型、亚型、耐药性等。
乙型肝炎病毒HBV是威胁人类健康重要病原体,全球超过3.5亿HBV慢性感染者,中国HBV慢性感染者超过1.2亿。HBV慢性感染者发展成为肝硬化或肝癌患者风险将大大增加。目前美国FDA批准用于HBV治疗的药物一共有6个,分别是普通干扰素、长效干扰素、拉米呋啶、阿德福韦、恩替卡韦、替比呋啶。不同基因型HBV患者对干扰素应答差异较大,C、D基因型患者对干扰素应答低于A、B基因型患者;核苷类似物包括拉米呋啶、阿德福韦、恩替卡韦、替比呋啶,它们对HBV病毒复制抑制效率高,但长期使用会带来耐药性变异。因此在临床对HBV病毒基因型及耐药变异检测对于指导临床HBV抗病毒治疗非常重要。
围绕HBV基因型、亚型、耐药检测及相关临床应用,本论文建立了一种基于寡核苷酸基因芯片的检测方法,本论文主要包括以下几个研究内容:
1.总结了目前各种基因芯片技术的原理、特点和研究进展。结合HBV临床检测需要,提出了本论文的研究方案;
2.针对临床对HBV基因分型检测快速、简便的要求,设计制作HBV基因分型检测芯片,使其在稳定性、特异性、灵敏度、准确度等方面全部达到临床诊断的要求,并使用该芯片对我国华东地区HBV患者的基因型进行了临床研究;
3.结合临床指导HBV抗病毒药物选择的需要,设计制作了HBV耐药性基因变异检测芯片,使其在稳定性、特异性、灵敏度、准确度等方面全部达到临床诊断的要求,并使用该芯片对宁波地区HBV耐药情况进行了临床的初步研究;
4.针对HBV B基因型的序列特征建立了一种基于基因芯片的HBV B基因型亚型检测的方法,并使用该芯片对镇江地区B基因型HBV患者的亚型进行了临床研究。
本论文的研究表明,HBV耐药检测及基因分型检测芯片具有分析速度快、稳定性好、特异性高、检测灵敏度高、分型准确、便于临床推广等优点,在临床诊断方面具有广泛的应用前景。