司法制度一旦确立,其在一段时间内会保持相对的稳定,这就从根本上决定其具有保守性和滞后性的特点。对其仅仅通过常规的“立改废”来进行“头痛医头、脚痛医脚”式的更新协调可能会导致司法制度在整体的体系和结构上产生更大的矛盾和冲突。作为司法制度的重要内容之一,科学合理设置司法管辖制度,使其符合思维逻辑和发展规律的运行方式,是保证司法独立和司法公正的先决条件。其中,检察权作为特殊的司法权,也要排除地方保护主义的弊端,促进司法公正,保障人民权利。为确保检察权依法独立公正行使,合理配置司法资源,在我国设立跨行政区划的人民检察院显得尤为必要。我国司法管辖区与行政区划分离的情形从古至今都不乏先例,建国伊始,就设立了跨省行政区划检察署,虽然之后被撤销,但也是迈出了改革尝试的第一步。任何事物的存在都不是无缘无故的,必定有其存在的合理性和必要性。跨行政区划检察院也是如此,其设立是针对司法管辖制度存在的问题和缺陷产生的,能否在接下来的改革进程中发挥实质性的作用仍然有待观察。现阶段,上海、北京两地的改革试点已经投入运行,不仅代表着实践的秉承与创新,同时还面临着法律障碍、机制建设、案件界定等诸多问题。文章对跨行政区划检察院设置及相关问题进行了系统的理论归纳和实证研究。通过深入了解我国和域外检察制度的历史与现实,以此为据提出问题和主张,并预判改革的前景与未来。文章分四大部分。第一部分先通过理论分析指出设立跨行政区划检察院的法理依据,再通过比较法研究,将跨行政区划司法辖区在本国的历史渊源和国外的司法经验进行整理归纳,得出其存在是具有合理性的结论。第二部分结合当前的试点,对上海市检三分院、北京市检四分院的设立及运行情况进行介绍,并着重在案件管辖方面的异同进行分析和比较,明确设立跨行政区划检察院对司法改革具有权力制约、解决司法地方化、保障检察权独立、提高司法公信力的重大意义,并进一步论证将铁路检察机关改造为跨行政区划检察院的可行性。第三部分对跨行政区划检察院改革在理论与实践层面遇到的问题进行分析,包括立法滞后、各机关关系尚未理顺、案件管辖缺乏顶层设计、机关地位与建制不明,造成这项改革在实践操作中的困惑与困境。第四部分结合我国国情,对构建跨行政区划检察院的法律定位、协作探索、层级设置、案件管辖等提出构想,从顶层设计及细节规划等方面提出完善的建议,以期对理论界和实务界了解跨行政区划检察院的实际运作及下一步改革动向提供一点有益的启示。