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刺参(Apostichopusjaponicus)在分类上隶属棘皮动物门(Holothuroidea)海参纲(Echinodermata)、楯手目(Aspidochirotida),因其巨大的市场价值成为中国重要的海水养殖品种。SNP (Single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,作为一种理想的分子标记,以二态性、数目多、易于高通量检出等优点在高密度图谱构建、QTL分析、遗传多样性评估、家系鉴定和分子育种方面得到了广泛的应用。目前,利用EST数据库是开发SNP标记的重要途径。高分辨率熔解曲线(High resolution melting, HRM)是一种高效的突变筛查与基因分型技术,具有简单、精确及闭管操作等优点。本研究利用HRM技术开发刺参EST-SNP标记,并应用于群体遗传多样性分析和生长性状关联的研究,为今后刺参的高密度遗传图谱构建、种群结构分析、生物多样性保护和分子标记辅助育种等遗传学研究提供了基础资料。1.刺参EST-SNP标记的开发从EST数据库中检索到7,739条序列,经过软件进行聚类拼接后得到1,878contigs,筛选得到229个候选SNP位点,通过HRM分析方法,在一个刺参养殖群体中对其进行验证和分型。实验结果表明,有51个候选SNP位点表现出多态性,47个为新开发出的位点；观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的范围分别为0.0345-0.5000和0.0345-0.5643,平均值分别为0.2405和0.3055。2.刺参中国养殖群体和日本野生群体遗传多样性比较选取已开发的EST-SNP标记中的32个位点,以2个日本野生群体作为参照,运用HRM方法对5个刺参中国养殖群体的群体结构和遗传多样性水平进行分析和比较。结果显示,养殖群体的观测杂合度和期望杂合度与野生群体的没有明显的不同。而群体间两两对比的Fst值(0.0119-0.0236)和遗传一致度(0.9802-0.9915)也并没有明显的区别。对养殖群体和野生群体的AMOVA分析指出,变异的来源在“群体内”。说明了经过长时间的养殖过程,刺参群体的遗传多样性并没有降低,仍然保持着较高的水平。3.刺参SNP标记与生长性状的关联分析选取已开发的EST-SNP标记中的46个位点,利用一个刺参全同胞家系进行了EST-SNP基因型与体长、体宽、体重、体壁重和出肉率性状的关联分析。相关性分析显示,46个SNP位点中有10个位点与生长性状呈显著相关(P<0.05),其中位点SNP183的基因型AB与出肉率显著相关(P<0.05)：位点SNP189的基因型AA与体长呈显著相关(P<0.05)；8个SNP位点(SNP4、SNP146、SNP154、SNP163、SNP164、SNP175、SNP178和SNP216)的基因型BB与体长、体宽、体重、体壁重性状中的部分或全部呈显著相关,推断基因型BB可能是这些位点的优势基因型。研究结果为刺参经济性状分子标记辅助育种提供了参考资料。