随着全球化的不断拓展，一系列全球公共问题随之出现，而全球公共卫生问题在2003年非典流行之后日益引起人们的关注。各种突发公共卫生事件和新发传染病的蔓延严重威胁着人们的生命健康，危及社会的和谐有序发展和国家安全，成为主权国家非传统安全关注中日渐加深的方面。公共卫生问题自身的特点迫切要求世界各国、国际组织和全球公民社会组织共同行动起来，对已经或可能发生的对人类健康和生命造成严重损害或具有潜在影响的重大问题，本着全球伙伴和合作的精神采取共同的行动加以应对。笔者认为，将全球治理理论应用于公共卫生问题，可以为更加合理和全面地应对全球公共卫生问题提供一种新的思路。基于此，本文将围绕突发公共卫生事件中各种公共卫生治理主体的参与行为展开实例比较分析，并进一步从理论上探讨公共卫生问题全球治理结构的现实发展及其对传统国家主权观念和国际关系发展带来的影响。 结构上，本文分为三部分： 第一部分阐述了全球治理理论的基本思想及在这一视角下考虑公共卫生问题的必要性。首先具体分析了全球治理理论的主要概念，然后对公共卫生问题的危害性进行了系统分析，进而提出了公共卫生问题的全球治理理论，并对该理论的结构框架和制度框架进行了分析。 第二部分以对禽流感问题的全球治理结构与主体为例具体分析了公共卫生问题全球治理下的各个层面及其在全球治理中发挥的不同作用，主要包括国际层面上的国际组织(世界卫生组织)、跨国层面上的区域一体化组织比如欧盟和东盟以及主权国家等。 第三部分是对公共卫生问题全球治理的理论分析，主要分析了形成中的公共卫生问题全球治理中跨国角色的成长及其现实局限性、全球治理的形成对传统国家主权观念的挑战和公共卫生问题所突显的非传统安全考虑对国际关系及其走向的影响等。 本文的基本结论是，在经济全球化深入发展和非传统安全问题日益突出的时代，在全球层面对公共卫生问题的有效治理可以促进国际关系的健康发展并为人类应对诸如恐怖主义、环境难题等提供借鉴。因而，作为发展中大国的中国应该从理论和实践两方面更积极地介入其中，成为更加主动的参与者和领导者。