KRas通过N6-甲基腺嘌呤上调CAPN2促进胰腺癌细胞增殖的机制

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背景:胰腺癌是预后最差的恶性肿瘤之一。胰腺癌之中最常发生的分子事件是KRas的突变。Calpains是一类Ca2+依赖的半胱氨酸蛋白酶,和多种肿瘤的发生发展关系密切,其中包括胰腺癌。但其与KRas之间的调控关系仍未有研究涉及。N6-甲基腺嘌呤(m6A)是RNA之中最多的修饰,和肿瘤的发生密切相关。阐述m6A和经典的KRas癌症分子信号通路之间的调控关系的研究目前仍旧缺乏。
  目的:探索Calpain在胰腺癌中的调控及其意义。研究KRas和CAPN2在胰腺癌之中的调控关系及其与胰腺癌发生发展之间的关系。探索m6A修饰在KRas对CAPN2的调控中扮演的角色。
  方法:首先通过公共数据库的分析和siRNA敲减Ras基因的方法检测Calpain的三个亚基CAPN1,CAPN2,CAPNS1在胰腺癌中的表达,及其与胰腺癌病人临床预后或KRas的关联性。通过MTS,克隆形成以及WesternBlot等实验手段检测敲减CAPN2对胰腺癌的表型的影响。通过RNA与蛋白质半衰期实验确定KRas调控CAPN2表达的机制。用m6A-Seq以及RIP等实验分析CAPN2mRNA的m6A修饰情况。进一步运用siRNA敲减m6A修饰相关分子以及使用RealtimeRT-qPCR,WesternBlot以及RIP等实验寻找相关m6A甲基转移酶以及识别蛋白。进一步使用siRNA敲减和RIP等技术探究KRas对CAPN2mRNAm6A修饰相关甲基转移酶和甲基识别蛋白的调控作用及其机制。
  结果:通过GEPIA网站分析发现CAPN2高表达和胰腺癌患者的差预后呈现正相关,并且CAPN2和KRas间呈现表达正相关。使用siRNA敲减CAPN2或Calpain抑制剂PD150606抑制Calpain活性后,胰腺癌细胞增殖能力显著减弱。通过RNA半衰期实验和蛋白质半衰期实验分析发现KRas提高了CAPN2mRNA的稳定性。通过m6A-Seq和RIP发现CAPN2mRNA有m6A修饰发生。进一步筛选后,证实是METTL16结合CAPN2mRNA而促进其发生m6A修饰,并且YTHDF3作为甲基识别蛋白结合CAPN2的mRNA并保护其不受降解。敲减KRas后,METTL16和CAPN2mRNA间的结合减弱,因而其m6A修饰水平下降。敲减YTHDF3也可以抑制胰腺癌的增殖。同时,敲减KRas能够显著下调YTHDF3的蛋白和mRNA的表达,其原因是KRas提高了YTHDF3mRNA的稳定性。
  结论:KRas可能通过促进METTL16与CAPN2mRNA间的相互作用而增强了CAPN2mRNAm6A修饰,同时上调YTHDF3表达以结合更多发生m6A修饰的CAPN2mRNA,提高CAPN2mRNA的稳定性,从而促进了胰腺癌的发生发展。
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