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本研究利用选自绵羊基因组中的10个微卫星(Microsatellite)标记,对新疆13个绵羊品种在这10个微卫星座位上的等位基因频率、微卫星多态信息含量(PIC)、各群体的遗传杂合度(H)、群体间的遗传距离(DA)、遗传分化系数等进行了分析,并根据遗传距离对试验群体进行了UPGMA聚类分析。结果表明,所选择的10个微卫星座位在所检测的群体中均表现出较好的多态性,每个微卫星座位平均检测到7.3个等位基因(6～9个);多态信息含量(PIC)平均为0.6803(0.5644～0.7771);群体平均杂合度为0.7192(0.6754～0.7530),试验所选新疆绵羊群体内较高的遗传杂合度表明不同绵羊群体的遗传多样性较为丰富,具有较高的选择潜力。应用软件PopGene32对各群体所测的10个微卫星位点进行了F—统计量参数估计,基因流分析。结果表明:各群体内近交系数(Fis)平均值为0.0565,总群体近交系数(Fit)平均值为0.1066,说明13个绵羊群体内存在一定的杂合体;遗传分化系数(Fst)仅为0.0531,说明群体间的遗传变异为5.31%,而94.69%为群体内的遗传变异。13个绵羊群体间基因流均大于1 (平均为4.4621),说明所选试验群体存在或者在过去某个时期发生基因交流,这可能与品种的育成史有关。对遗传距离的计算结果表明各绵羊种群间有一定的遗传距离,其中中国美利奴羊与阿勒泰羊的遗传距离最大,为0.3132;而巴什拜羊与农区和田羊的遗传距离最小,仅为0.0690。UPGMA聚类分析表明,柯尔克孜羊与多浪羊以相对较小的遗传距离首先聚为一类,然后同阿勒泰羊相聚类,这与其地理分布是相一致的;中国美利奴羊与新疆细毛羊聚为一类最终与其他相聚,与其品种育成史相一致。这些聚类结果与根据形态学及育种历史等进行的预期结果基本一致,表明微卫星标记适宜于群体遗传结构及遗传关系的研究,是畜禽遗传多样性研究与保护的有效分析手段。