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CTCF(CCCTC-结合因子)是在真核生物中广泛表达且进化保守的11锌指蛋白。它的11锌指结构组成DNA结合结构域,并通过不同的组合方式结合到靶位点处并行使各种各样的功能,包括基因的抑制与激活、基因印记以及染色质绝缘等。目前,人们对CTCF的功能进行了广泛的研究,但是没有对CTCF的入核运输过程进行相关的研究。CTCF作为一个与细胞生长增殖及肿瘤发生等相关的重要调控因子,它的核运输过程关系着其一系列转录调控作用的发挥。
研究发现CTCF这种大分子核蛋白的入核需要其NLS序列识别相应运输受体,进而被介导入核运输。入核运输的过程除mRNA被TAP/NXF家族成员介导外,几乎都是由一个完全保守的转运受体超家族--Karyopherins家族所运输。因此,本课题旨在寻找与CTCF存在相互作用的Karyopherins蛋白家族成员,并初步研究CTCF入核的具体过程及在此过程中存在的调控方式。由于CTCF在细胞生长增殖、系统发生以及肿瘤发生等方面都起着重要的作用,而且有研究发现CTCF的细胞分布与乳腺癌的分级及侵袭性密切相关,故我们还初步研究了CTCF的入核运输过程与肿瘤侵袭性的相关性。
本研究的主要内容是基于基因芯片的数据结果展开的。之前,利用ChIP-on-chip等技术寻找受CTCF调控的基因,启动子芯片检测到CTCF与Karyopherins蛋白家族成员Importin13(IPO13或IMP13)的基因启动子区结合,且数值非常显著。Timur等人在对CTCF的共纯化因子进行质谱分析时发现存在Importinα3(KPNA4)。以这些数据作为基础,本课题首先利用免疫荧光染色技术以及相应文献报道的数据探讨了CTCF的表达水平、细胞分布以及肿瘤细胞侵袭性之间的关系。我们发现在高侵袭细胞中CTCF多分布于细胞质中,而在低侵袭细胞中CTCF主要集中分布在细胞核内。
然后,本课题利用染色质免疫共沉淀实验验证启动子芯片的结果,进一步证明CTCF在ipo13启动子区有结合。利用半定量PCR和免疫印迹技术检测实验室已构建的CTCF敲降的HeLa-CTCF-Ⅱ-11细胞株与HeLa细胞株中IPO13及KPNA4蛋白的表达情况,确定CTCF具体的调控作用。实验发现,CTCF的细胞表达水平较低的时候,IPO13和KPNA4的表达量也有不同程度的下调。说明CTCF对这两种蛋白起正调控作用。
同时,用GST融合蛋白沉降技术以及Co-IP实验检测CTCF与IPO13和KPNA4蛋白的相互作用情况。GST融合蛋白沉降技术中构建了表达GST-IPO13及GST-KPNA4这两个融合蛋白的表达载体p GEX-4T-1-IPO13和p GEX-4T-1-KPNA4。CTCF分别来自过表达CTCF蛋白的HEK-293FT细胞裂解液和麦芽胚体外转录翻译系统表达的CTCF。实验结果表明,CTCF与IPO13及KPNA4之间都存在相互作用。Co-IP实验中首先利用CTCF的抗体免疫沉淀下来的蛋白复合物进行SDS-PAGE,Western Blotting时用IPO13的抗体进行检测,结果为阳性。然后利用IPO13抗体沉淀下来的复合物同样进行SDS-PAGE,Western Blotting用CTCF抗体检测时结果也呈阳性。
本课题还初步研究了CTCF对其入核运输的自身调控机制,这可以加深我们对CTCF及其调控网络的了解。