随着我国经济的发展，农村城市化正成为社会结构变迁的一种表现形式，城市化离不开土地的开发利用。我国现行的土地制度是城乡二元制，土地分为国家所有和农村集体所有，但城市开发和建设只能利用国有土地，在这一制度逻辑下，农村集体用地不能用于城市开发和利用，建设在农村集体土地的城市工商业用房及住宅得不到国家发证确权，俗称小产权房。一方面，国家严禁小产权房的建造和销售，另一方面却是民间小产权房市场的购销两旺。小产权房成为政府亟需解决的难题。深圳从一个渔村发展成经济特区，正是农村城市化的一个标本，不可避免地出现小产权房问题。深圳经历的农村城市化，是所谓农村集体用地概括国有化的过程，政府通过取消农业户口，撤消农村集体经济组织建制，建立社区居委会等方式推进城市化，并将城市化后属于农民集体经济组织的土地直接宣布为国家所有。这一做法绕过了集体土地经征收转为国有用地的土地征用制度，改变了行政区域的土地性质，却难以改变深圳原农村小产权房蓬勃发展的状况。随着深圳城市化及特区一体化进程的深入，土地资源日益短缺与城市发展用地需求激增之间的矛盾进一步加剧，为释放现有土地资源，必须处理占用原集体现国有土地的小产权房。2009年5月21日，深圳市出台《关于农村城市化历史遗留违法建筑的处理决定》，启动了对小产权房的处理程序，然而三年多过去了，政府只完成了数据普查工作，小产权房的处理问题却悬而未决。针对于此，本文试图从小产权房产生原因、困境根源、现行土地制度分析着手，结合深圳小产权房现状及政府监管政策，基于“产权清晰、权责明确、要素流通、市场导向、政府监管”的目标导向，从社会稳定、法律正义、市场经济的角度提出解决深圳小产权房困境问题的建议。