公司自治理念的发展,公司自由主义路径的拓宽,使得公司章程自治的空间越发广阔。然而,公司法中强制性规范的存在也使得公司章程处于一个自由与限制的双重状态中。对于强制与自治的“度”的把握不同也使得司法实践中涉章效力纠纷案件繁多。章程法律性质存在争议;章程效力的认定尚无明确标准;章程效力瑕疵的法律后果无统一规定等问题进一步加剧章程效力纠纷案件的裁判困难,以致“同案不同判”“同案同判不同理”的情况屡屡发生。然而,章程事项往往关乎公司、股东甚至是第三人的利益,因此,针对公司章程效力瑕疵的司法认定问题亟需研究和解决。本文共分四部分对选题进行研究。第一部分,从最高人民法院指导案例96号入手,通过对法院裁判要旨的分析,总结章程效力瑕疵司法认定所面临的困境。第二部分,在对章程法律性质的三种学说进行反思与批判的基础上,对章程的决议属性进行证成。同时对章程效力瑕疵的概念进行界定并明确章程瑕疵的相关事由。第三部分,首先论述了司法权介入涉章纠纷的合理性与正当性;其次对公司章程内容与程序瑕疵时的效力情况进行分析;最后是对章程效力瑕疵的法律后果进行探究。第四部分,对完善我国公司章程效力瑕疵司法认定提出三方面的建议,一是明确章程效力瑕疵司法认定的六个审查规则;二是明确章程效力确认的具体司法程序事项;三是明确章程效力瑕疵引起的法律后果,包含章程自身的效力后果及章程效力瑕疵的溯及力问题。