南瓜(Cucurbita spp.)起源地被认为是美洲大陆,是人类最早栽培的古老作物之一。病毒病是南瓜的一种重要的病害,由于南瓜的种植面积不断扩大,南瓜上的病害每年加重,导致南瓜的产量与品质急剧下降,同时造成较大的经济损失,故南瓜病毒病已经引起人们的关注。本论文引述的病毒病侵染南瓜后的4种表型为:皱缩型、花叶型、黄化型和褪绿型。1.根据全基因组序列设计特异性引物,检测采自湖南长沙、岳阳、益阳和常德具有明显症状的224份病毒的南瓜叶片样品,检出的病毒有ZYMV、CCYV、WMV、CMV、PVY和PMMoV,阳性率分别为36.2%、7.6%、6.7%、2.7%、1.3%和0.9%。南瓜病毒病以单病毒感染为主,ZYMV、CCYV、WMV、CMV的单病毒侵染率分别为31.7%、6.3%、3.1%和1.8%;双病毒感染率为4.4%,其中ZYMV与WMV比较容易发生复合侵染,侵染率为2.7%;三双病毒感染率为0.4%。2.通过克隆、测序、拼接得到ZYMV、WMV以及CCYV湖南分离物的外壳蛋白全序列,利用NCBI上登录的序列数据进行分子进化分析。3.三个病毒CP基因都没有明显的重组,重组不是其分子进化的显著作用力。ZYMV可以明显地按照地理来源划分出3个主要谱系;WMV可以划分3个主要谱系;CCVY可以划分4个主要谱系。突变和负选择作用是驱动ZYMV、WMV以及CCYV进化的主要作用力,大部分分离物种群间的遗传变异显著,受到遗传漂变的影响,种群结构相对稳定都处于扩张的趋势中,基因变异程度低。