一般来说,定位于叶绿体的蛋白在其N端都有叶绿体转运肽(cTP)。目前认为,叶绿体是蓝细菌内共生的产物,所以叶绿体转运肽可能来自于蓝细菌。尽管如此,很多定位于叶绿体的蛋白与蓝细菌蛋白并不具有同源性,由此提出叶绿体转运肽在进化上可能存在其它起源。有观察表明,叶绿体转运肽可以将蛋白定位于非植物线粒体,令人自然的想到叶绿体转运肽可能起源于线粒体前导肽。那么,叶绿体转运肽的进化起源究竟是怎么样的呢?这是一个古老、但一直都没有解决的问题。我们研究了类叶绿体导肽(cTP-like)序列在7组蛋白序列数据集中的存在情况。这7组蛋白数据集涵盖了三界生物,包括(1)细菌界中的蓝细菌(Cyanobacteria)、阿尔法紫色变形球菌(Alpha purple proteobacteria)、远古细菌(Ancient bacteria);(2)古细菌(Archaea)界;(3)真核生物界中的粘霉菌类(Slime molds)。另外还包括叶绿体基因组(Chloroplastgenomes)和植物线粒体基因组(Plant mitochondrion genomes)。结果表明,在蓝细菌、阿尔法紫色变形球菌、粘霉菌类和古细菌中,cTP-like序列在真实数据集中出现的数目显著高于在随机数据集中出现的数目;在叶绿体和植物线粒体基因组中,cTP-like序列在真实数据集中出现的数目显著低于在随机数据集中出现的数目;在远古细菌中,cTP-like序列在真实数据集和随机数据集中出现的数目无显著差别。由此我们推测,叶绿体转运肽可能有两个进化起源:细菌(蓝细菌和阿尔法紫色变形球菌)和古细菌。叶绿体转运肽可能早在古细菌与真核生物分化时就存在了。