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海南沼虾(Macrobrachium hainanense),隶属于甲壳纲,十足目,长臂虾科,沼虾属,是我国重要的淡水经济虾类。因其在河口附近繁殖且耐低温能力较弱,分布于浙江(瓯江以南)、广东、广西、福建、海南等地入海的河流。海南沼虾已应用于杂交育种研究,但有关其遗传多样性研究迄今仍为空白。本文采用SRAP分子标记技术对瓯江、闽江、珠江、万泉河、昌化江五个地理种群的海南沼虾遗传多样性进行了研究,并对珠江群体海南沼虾的ITS-1序列进行了分析。①海南沼虾遗传多样性的研究本文通过优化SRAP扩增的相关参数,建立了海南沼虾的SRAP反应体系。25μLSRAP扩增体系的最优参数如下：10×PCR反应缓冲液2.5μL,MgCl2(25mmoL／L)1.5μL,Taq DNA聚合酶(5U／μL)0.16μL,正反向引物(10μmol／L)各2.0μL,dNTP(2.5mmol／L)1.5μL,全基因组DNA(20ng／μL)1.0μL,ddH2O补足。利用上述反应体系,从30对SRAP引物组合中筛选出15对扩增稳定且多态性较好的引物组合,并分析了瓯江、闽江、珠江、万泉河、昌化江五个地理种群海南沼虾的遗传多样性。共得到了255个清晰、稳定的位点,其中多态性位点为177个,多态性位点比例为69.4118%。五个地理种群多态性位点比例分别为47.45%、43.92%、53.33%、46.67%、43.92%；遗传杂合度分别为0.1799、0.1657、0.1839、0.1892、0.1763；Shannon信息指数分别为0.2746、0.2543、0.2876、0.2846、0.2658。两两群体间遗传分化指数(Gst)值在0.0887-0.2702之间,基因流值(Nm)在1.9135-5.1366之间,遗传距离值介于0.2472-0.3469之间,遗传相似系数为0.6531-0.7528。AMOVA分析结果表明：群体的遗传变异有17.64%是由群体间遗传变异引起的,且群体间遗传变异对总的遗传变异影响是显著的(Pst=0.176>0.15)。聚类分析结果表明：五个地理种群海南沼虾共分为两个类群,昌化江群体单独为一个类群；瓯江、珠江群体在遗传相似系数值为0.75时聚在一起；遗传相似系数值为0.738-0.742时,瓯江、珠江群体先后与闽江群体和万泉河群体聚在一起；当遗传相似系数值为0.67时,五个群体聚在一起。②海南沼虾ITS-1序列分析采用青虾(Macrobrachium nipponense)ITS-1扩增引物,对珠江群体海南沼虾基因组DNA进行扩增,扩增出大小为2000bp左右的单一亮带。用DNAStar软件分析海南沼虾ITS-1序列后得出：1)各海南沼虾个体间的平均遗传相似度为90.80357%,ITS-1片段长度在1630-1750bp之间；2)ITS-1序列中碱基A、G、C、G+C的含量百分比变化范围分别为：27%-30%(A),27%-31%(G),14%-16%(C),43%-46%(G+C)；3)ITS-1全序列中含有2个具有多态性的SSR位点,分别为位于258bp的(AG)n序列和1270bp的(GA)n序列。将海南沼虾ITS-1标准序列进行BLAST比对分析,结果表明：海南沼虾同青虾(M. nipponense)和刀额新对虾(Metapenaeus ensis)都有较高的同源性。本文的研究填补了海南沼虾遗传多样性研究的空白,将为海南沼虾种质资源的有效保护和合理地开发利用提供理论依据；同时也为海南沼虾的遗传学研究提供了新的分子标记。