作为蛋白质行使功能的主要方式，蛋白质-蛋白质相互作用在众多生物学过程中发挥着关键作用。当今生物学研究的一个主要课题，是探究蛋白质相互作用机制，及判断特定的蛋白质间是否能发生相互作用。研究蛋白质相互作用的规律，并构建预测模型具有重要的现实意义。　　 首先，基于相互作用蛋白质数据库(DIP)、基因本体数据库(GO)和蛋白质结构分类数据库(SCOP)，结合SWISS-PROT等相关数据库中蛋白质功能注释信息.定义了描述蛋白质相互作用倾向性的参数(PIRB)，对酿酒酵母定位于不同细胞器、部分膜蛋白，对酿酒酵母、线虫和大肠杆菌按SCOP分类不同结构类蛋白质之间相互作用规律进行研究。结果表明，各种细胞器、膜和结构类蛋白质之间相互作用确实存在明显的偏向性。本文也对结果的生物学意义及蛋白质相互作用规律作了简要探讨。　　 蛋白质相互作用与蛋白质的结构信息有着密切的联系。本文中，蛋白质的二级结构数据作为特征用来进行蛋白质-蛋白质、及蛋白质亚基间的相互作用预测。在蛋白质亚基间相互作用的预测工作中，通过对二级结构及超二级结构信息的分析，提取其为特征，利用支持向量机构建了预测模型。该预测模型得到较有意义的预测效果，整体预测准确率、敏感度、相关系数分别达到64.52％、66.87％和0.291。　　 在蛋白质-蛋白质相互作用预测工作中，蛋白质结构数据及区域位置信息都用来构建模型。同样利用支持向量机，以酿酒酵母为对象的蛋白质相互作用预测模型的整体准确率高达88.01％，相关系数达到0.761。本工作构建的蛋白质相互作用预测模型及相关数据集提供在线获取。（http://ibt.imust.cn/PPIP.html）