当下,环境问题越来越受到社会的关注,在经济迅猛发展的同时,环境问题也日益突出,严重影响了人们的正常生活,同时也制约着经济的健康发展,这就迫使人们更加注重对生态环境的保护。在我国,流域污染越来越严重,流域治理已经迫在眉睫。而排污指标交易是控制流域污染最为有效的一个新生方法,受到了各国的热切关注。我国排污指标交易的试点工作也在有声有色地进行着,但要实现排污交易的有效进行,首先要保证初始分配的公平、公正。排污指标初始分配是进行排污指标交易的前提,只有经过初始分配的排污指标才有可能进入交易市场。如何才能保证初始分配的科学性、合理性、公平公正,是当下我国排污指标交易制度的关键问题。本文在分析了我国现状及国外经验的基础上,提出在我国的水污染治理上的一些改革建议。首先,是对现行排污许可证所载内容的改革,这也是本文的重点创新之处。现行排污许可证涵盖了排污资格和排污指标,这对今后实行排污指标有偿使用的初始分配和二级市场上的指标交易都会到来不少困扰。在综合考察之后,笔者提出了将排污许可证的作用限定在排污资格的证明上,把排污指标从排污许可证中分离出来,单独在初级市场和二级市场上进行交易,这样既有利于提高市场准入的门槛,净化市场,同时,用可以防止排污指标被滥用,使资源流向更有利于经济的发展。同时,现行的区域治理模式对水污染防治工作的束缚越来越大。水污染与大气污染最大的区别在于,水污染无论从何处起源,最终都是会扩散到整个流域。行政区域治理已经实施多年,投入的人力、物力、财力非常巨大,但收到的效益却很不乐观,一个关键的因素就是行政区域治理模式没有考虑水污染的流域性特征。假使流域中的几个行政区域治理好了,如果其他的一个或数个行政区域没有效控制污染,那么就会全盘皆输。改行政区域治理为流域治理模式,能为流域治理提供系统、连续的治理机制,纠正现在的地方上各自为政致使水域治理投资大、收益小的现状。在总量控制上,我国应当借鉴国外的先进经验,同时考虑本国的国情,科学、合理地确定总量。初始分配采取有偿还是无偿是一个仁者见仁智者见智的问题。我国在制度设计之初采取的是无偿使用的原则,但随着经济的发展、法治建设不断深入,无偿分配已经无法适应我国水污染治理的需要。因此,本文仅仅将无偿分配限定在奖励的层面上,依照排污者对社会福利建设的贡献,决定是否给予排污指标的奖励,其他的排污指标全部改为有偿使用。本文在分析了中国排污指标初始分配现状的基础上,阅读了大量的相关文献,准确把握排污指标初始分配的核心问题,对相关问题提出了自己的见解。排污指标交易是我国水污染治理的重要制度,而初始分配是重中之重。当下,排污指标交易试点正在我国有声有色地进行着,虽然取得了骄人的成绩,但不足之处还很多,谨望本文的分析和见解,能对我国流域水污染治理有所贡献。