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毕赤酵母表达系统是一个被广泛应用的外源蛋白表达系统，该系统的应用基于高效表达并受甲醇严格调控的AOX1启动子。本研究工作确定了AOX1启动子的两个阻遏因子PpMig1和PpMig2在不同碳源中的亚细胞定位;并基于RNA-Seq测序技术，对毕赤酵母进行了基因组序列修正、基因组重注释以及比较转录组学研究。 本研究首先利用绿色荧光蛋白(GFP)作为报告基因分别与PpMig1和PpMig2在毕赤酵母中融合表达，然后使用DAPI染色标记细胞核并用荧光显微镜观察毕赤酵母细胞，确定了PpMig1和PpMig2在不同碳源中的亚细胞定位。在以甲醇为唯一碳源的情况下，PpMig1和PpMig2分布于细胞质中，而在以甘油或葡萄糖为唯一碳源时，PpMig1和PpMig2则特异性地定位于细胞核内。结合PpMig1和PpMig2在葡萄糖和甘油中对于AOX1启动子起阻遏作用而在甲醇中不阻遏AOX1启动子表达的现象，我们证明了PpMig1和PpMig2对AOX1启动子的阻遏作用受到其在不同碳源中的亚细胞定位情况的调控。 其次，利用RNA-Seq测序技术，对毕赤酵母野生菌株以及已有的AOX1启动子调控发生变化的三个基因敲除株(△mpp1、△hxs1、△mig1△mig2)在不同碳源中的RNA样品进行了测序。以RNA-Seq测序结果为基础，我们修正了毕赤酵母原基因组序列中的错误，并重新注释了毕赤酵母基因组，得到了正确基因组序列和完备的基因组注释。此外，还获得了毕赤酵母在不同情况下的转录组信息。通过比较转录组学分析，鉴定了野生菌株在不同碳源中，以及在相同碳源中野生菌株和相应基因缺失株之间的差异表达基因。并且，通过对已知的5个AOX1启动子的调节因子(PpMxr1、PpMpp1、PpTrm1、PpMig1、PpMig2)在不同情况下的表达量进行比较，发现PpHXS1基因的缺失使得PpMIG2基因的表达量下降，同时使PpMPP1基因的表达量上升;PpMIG1和PpMIG2基因的同时缺失则会导致PpMPP1基因的表达量上升;而PpMPP1基因的缺失对其它4个调节因子的表达量没有影响。 最后，基于转录组信息，我们发现了毕赤酵母中的一个高表达基因，编号为CUFF.3889，在RNA-Seq测序结果中，该基因的最高表达量是PpAOX1基因最高表达量的6.54倍。 本研究首次确定了PpMig1和PpMig2在葡萄糖、甲醇和甘油三种碳源中的亚细胞定位情况，并阐明了亚细胞定位对其阻遏功能的调控;同时，本研究还首次应用RNA-Seq技术，对已有的毕赤酵母基因组序列及基因组注释信息进行了修正和重注释，并从整体上对毕赤酵母的转录组进行了分析，由此得到的正确的基因组序列，完备的基因组注释以及不同情况下的转录组信息数据库对于毕赤酵母的后续研究有着非常重要的意义。