LncRNA HOTTIP作为竞争性内源RNA在肾透明细胞癌发生发展中的作用及机制研究

来源 :重庆医科大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:hfwandy
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背景:肾癌(Renal cell carcinoma,RCC)是最常见的泌尿系统恶性肿瘤之一,肾透明细胞癌(ccRCC)是其最常见的病理类型。目前对转移及复发性ccRCC患者仍缺乏有效的治疗手段。CeRNA假说揭示了一种RNA间相互作用的新机制,而lncRNA作为ceRNA的调控模式在ccRCC中的研究仍较少。寻找具有重要生物学功能的lncRNA,并探讨其潜在的作用方式,将有助于阐明ccRCC的发病机制,为ccRCC的诊疗提供新的思路和潜在治疗靶点。目的:通过生物信息学分析TCGA数据库中ccRCC的基因表达谱,筛选ccRCC中异常表达基因,构建DElncRNA-DEmiRNA-DEmRNA的ceRNA调控网络,筛选与预后密切相关的基因。选取关键lncRNA,实验验证其通过ceRNA调控模式在ccRCC发生发展中的作用与机制。方法:(1)从TCGA数据库中下载ccRCC的基因表达谱及临床信息,使用R version 3.6.0“edgeR”包筛选DElncRNA、DEmiRNA和DEmRNA。利用R“clusterProfiler”和STRING分别进行GO、KEGG富集分析及构建差异基因PPI网络,筛选关键基因和信号通路。通过cytoscape version 3.5.1构建ceRNA调控网络,并通过单因素及多因素COX回归分析筛选ccRCC预后相关基因,确定研究目标lncRNA,分析其与临床病理特征的关系;(2)qRT-PCR检测组织样本和细胞系中目标lncRNA的表达水平,并结合临床信息验证其与临床病理特征的相关性;(3)构建过表达和敲低目标lncRNA的细胞系,通过MTT、平板克隆、流式细胞术、Hoechst染色实验、Transwell侵袭和迁移实验及裸鼠成瘤实验等分析目标lncRNA在ccRCC中的生物学功能;(4)采用FISH、细胞核浆分离、双荧光素酶报告基因、AGO2-RIP等实验验证目标lncRNA通过ceRNA调控模式,吸附miRNA,调节靶基因表达,影响ccRCC的作用机制。结果:(1)筛选出1517个DElncRNAs,1331个DEmRNAs和83个DEmiRNAs,构建含有100个DElncRNAs、14个DEmiRNAs和26个DEmRNAs的ceRNA调控网络。其中11个lncRNAs、3个miRNAs和4个mRNAs与ccRCC预后密切相关。lncRNA HOTTIP的表达与ccRCC患者生存状态、病理分级、临床分期及肿瘤复发/进展显著相关。确定研究对象为lncRNA HOTTIP/miR-506/VIM。(2)通过qRT-PCR检测了28对ccRCC组织和癌旁组织、肾癌细胞系和正常肾小管上皮细胞系中lncRNA HOTTIP的表达水平,验证了lncRNA HOTTIP的表达在ccRCC组织和肾癌细胞系中显著升高,且与Furhman病理分级、临床分期和T分期显著相关。体外实验表明lncRNA HOTTIP能够促进ccRCC细胞增殖、侵袭和迁移能力,抑制细胞凋亡。裸鼠成瘤实验也证实了lncRNA HOTTIP可以促进ccRCC体内增殖和侵袭能力。(3)FISH和细胞核浆分离实验显示lncRNA HOTTIP主要定位于786-O细胞质。通过双荧光素酶报告基因和AGO2-RIP实验验证lncRNAHOTTIP和miR-506-3p可以直接结合,作用于RNA诱导沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC),双荧光素酶报告基因实验也证实miR-506-3p和VIM存在直接结合位点。接着应用qRT-PCR和Western Blot分别在RNA和蛋白水平检测了靶基因VIM在各载体中的表达变化。结果显示靶基因VIM的表达与lncRNA HOTTIP呈正相关,而miR-506-3p可降低HOTTIP对VIM表达升高的调控作用。最后回复实验表明miR-506可逆转lncRNA HOTTIP对Caki-1细胞的增殖、侵袭、迁移和凋亡效应。结论:本研究成功构建ceRNA调控网络并筛选出lncRNA HOTTIP/miR-506/VIM调控轴,通过实验验证了lncRNA HOTTIP作为ceRNA,通过“海绵吸附”miR-506-3p,上调VIM,促进ccRCC的增殖、侵袭、迁移的能力和作用机制,为ccRCC发病分子机制研究提供了新的方向,为ccRCC的诊治提供了新的潜在靶点。
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