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棘头梅童鱼Collichthys lucidus ( Richardson)属鲈形目Perciformes、石首鱼科Sciaenidae、梅童鱼属Collichthys，是我国沿海重要的小型经济鱼类。采用PCR扩增测序法获得了棘头梅童鱼南通、启东、芦潮港、温州、瑞安、福州、番禺7个地理群体53尾鱼mtDNA控制区全序列。棘头梅童鱼控制区序列长度为778-782bp，序列长度变异主要是由位点的插入/缺失造成，识别了终止序列区TAS和保守序列区CSB1, CSB2和CSB3序列。共检测到多态位点66个，占全部序列8.44％，检测到单倍型33种，平均单倍型多样性为0.9347±0.0175，平均核苷酸多样性为0.0175±0.0023。棘头梅童鱼群体内的遗传距离(K2-P )为0.0017～0.0228，群体间的遗传距离为0.0023～0.0433，群体间的分化指数FST为-0.0584～0.8458，基因流为0.05～19.62。AMOVA分析结果显示，群体间的变异为74.21％，群体内的变异为25.79％ (P<0.05)，表明群体间发生了显著的遗传分化。以NJ法构建的亲缘关系树显示，棘头梅童鱼7个群体分为两个大支，一支以北方类群(南通、启东、芦潮港、温州群体)个体为主，另一支以南方类群(福州和番禹群体)个体为主，瑞安群体与两大类群有交叉。
利用AFLP技术分析了我国沿海棘头梅童鱼8个地理群体(山东荣成、江苏南通、启东、上海芦潮港、浙江温州、瑞安、福建福州和广州番禺)的遗传结构特征。10对引物组合在8个群体160尾个体中共扩增出272个位点，多态位点72个，多态位点比例为26.47％。8个地理群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数分别为8.82％～15.07％、0.0291～0.0514，表明棘头梅童鱼群体遗传多样性水平较低。AMOVA分析表明，群体间差异对群体遗传总变异的贡献率为47.91％，群体内差异的贡献率为52.09％，群体间、群体内均存在显著差异。8个群体间的遗传分化指数FST为0.1151～0.5995(P＜0.05)，存在显著分化。聚类分析表明，荣成与南通群体聚为一支，启东、芦潮港、瑞安群体聚为一支，温州、福州和番禺群体聚为一支。我国沿海棘头梅童鱼群体初步呈现南北分化的格局，但不同类群间尚存在交叉分布。