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在安宁市野外生境捕获90只野生鼠，包括10只褐家鼠（Rattus norve gicus）、32只黄胸鼠(Rattus flavipectus)、11只灰胸鼠(Rattus nitidus)、1只齐氏姬鼠(Apodemuschevrieri)、2只小亚细亚绒鼠(Eothenomys miletus)、1只社鼠(Niviventer confucianus)、1只针毛鼠(Niviventer fulvescens)、2只长尾仓鼠(Cricetinae longicaudatus)、1只巢鼠(Micromys minutus)、13只小家鼠(Mus musculus)和16只卡氏小鼠(Mus caroli)。对上述鼠类的肉孢子虫感染率进行调查。对昆明市、玉溪市和蒙自市市售的水牛、黄牛、山羊、绵羊、马和采自云南省勐腊县的鼷鹿(Tragulus javanicus)肌肉镜检肉孢子虫包囊。采用光学显微镜、电子显微镜和分子生物学手段，对寄生于鼠体和反刍类动物的肉孢子虫进行研究。
90只野生鼠中，肉孢子虫的感染率为17.8％(16/90)。发现9种（型）肉孢子虫:(1)西姆里肉孢子虫(S.cymruensis)寄生于褐家鼠(R.norvegicus)、黄胸鼠(R.flavipectus)和灰胸鼠(R.nitidus)，感染率为20.7％;(2)左氏肉孢子虫(S.zuoi)寄生于褐家鼠(R.norvegicus)、黄胸鼠(R.flavipectus)和灰胸鼠(R.nitidus)，感染率为15.9％;(3)黄胸鼠的肉孢子虫未定种(Sarcocystis sp.1)寄生于黄胸鼠(R.flavipectus)，感染率为3.1％;(4)灰胸鼠的肉孢子虫未定种(Sarcocystis sp.2)寄生于灰胸鼠(R.nitidus)，感染率为9.1％;(5)齐氏姬鼠的肉孢子虫未定种(Sarcocystissp.3)寄生于齐氏姬鼠(A.chevrieri);(6)安宁肉孢子虫(S.anningensis)寄生于小亚细亚绒鼠(E.miletus)，感染率为50％;(7)小亚细亚绒鼠的肉孢子虫未定种(Sarcocystis sp.4)寄生于小亚细亚绒鼠(E.miletus)，感染率为50％;(8)社鼠的肉孢子虫未定种(Sarcocystis sp.5)寄生于社鼠(N.confucianus);(9)针毛鼠的肉孢子虫未定种(Sarcocystis sp.6)寄生于针毛鼠(N.fulvescens)。
对反刍类动物—水牛、黄牛、绵羊、山羊、马和鼷鹿的肉孢子虫进行虫种鉴定，发现11种（型）肉孢子虫:(1)枯氏肉孢子虫(S.cruzi1/2)寄生于水牛和黄牛;(2)羊肉孢子虫(S.tenella1)和似羊肉肉孢子虫(S.tenella-like)寄生于绵羊;(3)家山羊犬肉孢子虫(S.hircicanis)，山羊犬肉孢子虫(S.capracanis1)和似山羊犬肉孢子虫(S.capracanis-like)寄生于山羊;(4)柏氏肉孢子虫(S.bertrmi)、似柏氏肉孢子虫1(S.bertrmi-like1)和似柏氏肉孢子虫2(S.bertrmi-like2)寄生于马;(5)鼷鹿的肉孢子虫未定种1(Sarcocystis sp.7)和鼷鹿的肉孢子虫未定种2(Sarcocystis sp.8)。
以上述20种肉孢子虫提取的总DNA作为模板，PCR扩增出约1600bp的18SrRNA基因。经排序、比较、分析发现:四种方法构建的系统树的拓扑结果基本类似，证明可信度较高。源自不同宿主的左氏肉孢子虫聚成一支，基于形态和生活史，表明其为同种肉孢子虫寄生于不同宿主。左氏肉孢子虫与黄胸鼠肉孢子虫(Sarcocystis sp.1)、灰胸鼠肉孢子虫(Sarcocystis sp.2)、齐氏姬鼠肉孢子虫(Sarcocystissp.3)、小亚细亚绒鼠肉孢子虫(Sarcocystis sp.4)、社鼠肉孢子虫(Sarcocystis sp.5)和针毛鼠肉孢子虫(Sarcocystis sp.6)以及其它终末宿主是蛇类的肉孢子虫构成一个单系群(monophyletic group)，表明其终末宿主可能是蛇类。源自不同宿主的西姆里肉孢子虫和小亚细亚绒鼠的安宁肉孢子虫与鼠肉孢子虫和鼠猫肉孢子虫聚在一起，形成一个单系群，安宁肉孢子虫的终末宿主可能是猫科动物。鼷鹿的肉孢子虫Sarcocystis sp.7和Sarcocystis sp.8形成一个单系群，表明其可能是相同的种，并且与猫为终末宿主的肉孢子虫聚成一支，推测其终末宿主可能是猫科动物。源自不同宿主的形态相似的枯氏肉孢子虫与S.tenella1、S.tenella-like、S.capracanis1、S.capracanis-like、S.hircicanis、S.bertrmi、S.bertrmi-like1、S.bertrmi-like2按照形态聚类（形态相似的两种来源），并且与犬类为终末宿主的种类聚成一支。S.bertrmi、S.bertrmi-like1、S.bertrmi-like2单独聚成一支，亲缘关系较近，四种方法构建的树都支持它们可能是同一个种。NJ树、ME树和MP树中，S.hircicanis与S.arieticanis聚在一起，亲缘关系较近。但在UPGMA树中，S.hircicanis与S.grueneri亲缘关系最近。四种方法构建的系统树都支持S.tenella1和S.tenella-like、S.capracanis1和S.capracanis-like为一个种的推测。
18S rRNA基因系列构建的系统树，为我们确定一些有争议的虫种的分类地位，提供了分子生物学方面的证据。本文是世界范围内首次发现社鼠、针毛鼠、灰胸鼠和鼷鹿体内的肉孢子虫，并获得了它们的18S rRNA基因序列，首次得到西姆里肉孢子虫，家山羊犬肉孢子虫和不同生长阶段的柏氏肉孢子虫18S rRNA基因序列，首次用分子生物学手段证实包囊的大小随其年龄变化的观点;国内首次得到山羊犬肉孢子虫18S rRNA基因序列。