建立行之有效的争端解决机制是中国—东盟自由贸易区制度建设的重要内容，是保证中国—东盟自由贸易区的经济合作的正常运转的法律基础。中国—东盟争端解决机制建立的时间尚短，与中国—东盟自由贸易区一样都很年轻，目前学界对之的研究还不多。本文分析了《中国—东盟争端解决机制协定》的18个条款，即对适用争端的范围、磋商程序、调解或调停、仲裁庭的设立、职能、组成和程序、仲裁的执行、补偿和终止减让等问题进行了解析；通过对欧盟、北美自由贸易区、世界贸易组织、东盟自由贸易区等各具代表性的争端解决机制与中国—东盟争端解决机制进行比较研究，探讨了中国—东盟争端解决机制的特点，即中国—东盟争端解决机制与北美自由贸易区和世界贸易组织的准司法性争端解决机制相类似，在某些具体规定上还借鉴了世界贸易组织的争端解决机制，在争端当事国选择适用争端解决机制、适用范围、仲裁程序及执行程序方面又体现了自身特点。同时还提出了中国—东盟争端解决机制在运用该争端解决机制的主体、仲裁庭组成人员、设置及表决方式、裁决程序、执行程序和惩罚机制等方面的规定仍存在不足，并针对这些不足提出了完善《中国—东盟争端解决机制协定》的建议：将运用该争端解决机制的主体扩展到私人、企业；在中国—东盟秘书处备一份专家名单；设立常设仲裁庭，必要时依首席仲裁员意见作出裁决；增设仲裁裁决的复核程序；建立“跟随执行监督制度”；建立完善的惩罚机制；增设贸易和投资纠纷预防机制；建立中国—东盟自由贸易区投资争端解决机制。