2004-2005年对抚仙湖开展了水质和水生生物现状的调查，研究了主要生物类群的空间分布特征及其与环境因子的关系，结合20世纪50年代以来的资料，分析了近50年来湖泊生态系统结构的长期演变，探讨了各种人类活动对其产生的驱动作用，以期为高原深水湖泊的生物多样性保护和富营养化防治提供科学依据。主要研究结论如下：　　 抚仙湖表层总体水质接近I类，仍为贫营养状态。南区水质优于北区。深水区水质因子具有明显的垂直分布，底层水体总磷含量约为表层的3倍，而氮明显低于表层。　　 在抚仙湖采集到藻类80种、浮游甲壳动物12种、底栖动物种27种、鱼类33种、沉水植物12种。藻类优势种为转板藻(Mougeotia sp.)。浮游甲壳动物优势种为网纹溞(Ceriodaphnia cornuta)、象鼻溞(Bosmina sp.)、舌状叶镖水蚤(Phyllodiaptomus tunguidus)。底栖动物优势种为花纹前突摇蚊(Procladius choreus)、羽摇蚊(Chironomous plumosus)、水丝蚓(Limnodr ilus)、苏氏尾鳃蚓(Branchiura sowerbyi)、长角涵螺(Alocinmalongicornis)、环棱螺(Bellamya)和河蚬(Corbicula，luminea)等。湖中有土著鱼类14种，外来鱼类19种，太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)占绝对优势。沉水植物优势种为黑藻(Hydrilla verticillata)、穗状狐尾藻(Myriophyllum spicatum)、篦齿眼子菜(Potamogeton. pectinatus)、金鱼藻(Ceratophyllum demersum)和苦草(Vallisneria spiralis)。　　 浮游生物主要分布在0～30m水层。藻类密度为北区大于南区，而浮游甲壳动物恰好相反。摇蚊幼虫密度和生物量南区大于北区，寡毛类、螺蚌类南北湖区差异不显著。营养盐类是影响藻类水平分布的主要环境因子，而水深是影响摇蚊幼虫分布的主要环境因子。　　 近50年来，抚仙湖生态系统结构的总体演变趋势是营养水平逐渐提高，生物多样性降低。1980年以来，水体透明度降低了约1/2，而总氮却增长了1.5倍，总磷增长了0.5倍，叶绿素a增长了10倍，综合营养状态指数增长了2.2倍。藻类种类和数量均呈增长趋势，转板藻演替为主要优势种。桡足类优势种西南荡镖水蚤(Neutrodiaptomusmariadviagae)消失，被舌状叶镖水蚤取代。摇蚊幼虫密度和生物量显著增加，富营养化指示种羽摇蚊成为优势种之一。土著鱼类资源严重衰退，外来鱼类在种类和数量上占据了主体。沉水植物分布面积和资源量显著增加，穗状狐尾藻、篦齿眼子菜和金鱼藻等耐污种迅速发展。　　 分析表明，水体污染、外来种的引入和过度捕捞等人类活动是驱动抚仙湖生态系统结构发生变化的主要因素。水体污染导致了营养水平逐渐提高、耐污染种发展和生物量增加。外来种的引入和过度捕捞则是引起土著鱼类衰退的原因。太湖新银鱼的引入不仅对鲸鱼良白鱼(Anabariliusgraham)的资源衰退负有重要责任，而且可能是导致浮游甲壳动物和藻类优势种发生演替的原因。