蜡梅响应乙烯的转录组分析及CpERF1基因的克隆

来源 :西南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dlinc
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
蜡梅作为常用的园林植物和木本切花,由于其独特的开花时间和浓郁的花香,具有较高的观赏价值和经济价值,其观赏价值主要取决于花朵的开放情况,为了探索乙烯是否影响蜡梅的花朵开放,本文使用乙烯和1-MCP处理蜡梅花朵,利用RNA-seq技术,探索乙烯对蜡梅花朵的影响及克隆乙烯响应因子基因,为调控蜡梅花朵开放,改善切花品质提供帮助。本研究的主要结果如下:1.在本研究中,提取蜡梅蕾期花朵总RNA,利用高通量Illumina HiSeq4000平台测序,共得到0h样本40264927条clean data、4h样本41064633条clean reads、4hEth样本39230880条clean reads、24h样本41158515条clean reads和24h1-mcp样本40851828条clean reads。用Trinity软件对所有的clean reads进行拼接,共得到了195349个转录本序列,平均长度为919bp。2.将拼接得到的Unigene序列与NR、SwissProt、COG、GO和KEGG等数据库进行比对,其中,共有52352(26.8%)条转录本序列在NCBI非冗余获得了蛋白功能注释信息,发现蜡梅注释序列表现出与葡萄的较高同源性。有8934个转录本序列共被归类到了三个主要GO类别中的53个亚类,大部分的转录本序列被注释到细胞部分、细胞进程、代谢过程、蛋白结合和催化活性。有43391个转录本序列归类到了25个COG分类中,有2926个转录本注释到132个不同的代谢途径中。3.通过蜡梅花朵不同处理的转录组测序结果,对0hvs4h、0hvs24h、0hvs Eth4h和0hvs1-mcp24h的差异基因进行了分析,发现显著差异表达基因分别有282、396、293和367个(Log2FC≥2或≤-2;FDR≤0.05)。并且,在0hvs4h的差异基因中,有108个基因显著上调表达,有174个基因显著下调表达;而在0hvsEth4h的差异基因中,有143个基因显著上调表达,有150个基因显著下调表达。在0hvs24h的差异基因中,有127个基因显著上调表达,有168个基因显著下调表达;而在0hvs1-mcp 24h的差异基因中,有191个基因显著上调表达,有176个基因显著下调表达。同时对植物激素信号转导途径相关差异基因分析,发现植物激素信号转导途径相关差异基因显著差异表达,这些差异基因经注释为植物激素受体或植物激素响应基因,如ARF、AUX/IAA、SAUR、CKX、ERF和FBL基因。在本研究中我们获得了蜡梅花发育相关差异基因,包括FPA、VIL、AGL、FLP、BBX基因。同时我们也获得了花色素相关差异基因,包括F3PH、NCED1基因。利用q RT-PCR技术对随机挑选差异表达基因进行检测,表明了转录组测序的准确性和有效性。4.对蜡梅花朵不同处理的转录组测序结果进行转录因子数据分析,共注释得到了94个转录因子家族共35723个转录因子,包括C2H2、C3H、NAC、bHLH、MYB、AP2/ERF等转录因子家族。为了了解转录组数据中差异表达基因转录水平变化,发现0hvs4h、0hvs24h、0hvs Eth 4h和0hvs1-mcp 24h中的差异基因分别注释到144、161、139和199个转录因子,分属于39、47、45和52个转录因子家族。5.从本实验乙烯所诱导的蜡梅转录组数据库中获得AP2/ERF转录因子家族成员基因序列,通过克隆的方法获得了AP2/ERF转录因子CpERF1基因的cDNA全长序列。分析表明该基因cDNA全长852bp,含618bp的开放阅读框,编码205个氨基酸残基,含有保守的AP2结构域,是植物典型的AP2/ERF家族转录因子;该转录因子属于AP2/ERF转录因子家族中的ERF亚族B3组,并且与拟南芥AtERF1(AT3G23240.1)进化关系最近。进一步对CpERF1基因的表达特性进行分析,实时荧光定量PCR显示,CpERF1基因在蜡梅的各组织中都有表达,在成熟叶中表达量最高。而CpERF1基因在花器官不同发育时期的表达中,在盛开期表达量最高。6.实验成功构建植物超表达载体pCAMBIA2301g-CpERF1,以农杆菌GV3101为载体,用花序侵染法转化拟南芥,用Ka抗性培养基筛选得到转CpERF1基因的九个株系的不纯和转基因单株。
其他文献
目的:观察枇杷清肺饮加减联合红蓝光治疗头部脂溢性皮炎的临床疗效及安全性。方法 :头部脂溢性皮炎患者82例随机分为治疗组与对照组,每组41例。治疗组予枇杷清肺饮加减口服联
灭亡南宋(1279年)之后,元朝在西南地区用兵不断。西南恶劣的气候地理环境使得军粮供给困难。再加上军官侵渔,元军经常发生缺粮现象。为筹措军粮,元朝政府主要采取了四种措施:一是征
目的探讨超声引导下竖脊肌平面阻滞(Erector Spinae Plane Block,ESPB)和胸椎旁阻滞(Thoracic Paravertebral Block,TPVB)用于胸腔镜肺癌全麻手术患者术中及术后镇痛效果的比较。
赎刑制度是中国传统时代富有特色的制度之一,清代的赎制集历代之大成又别有发展。现有的对于清代赎刑制度的研究多集中于制度层面,注重前后沿革变化,而对变化的原因以及该制
纳尔吉斯飓风后,缅甸非政府组织进入快速发展阶段。缅甸非政府组织的快速发展离不开西方国家和国际非政府组织的大力支持,也是缅甸国家外交战略的具体体现,是缅甸社会事业发
香菇(Lentinula edodes(Berk.)Pegler)是世界上栽培范围最广的食用菌之一。香菇病毒是香菇生产上较重要的一类潜在隐患。本研究采用dsRNA和RT-PCR检测技术,首次系统分析了中
纪念馆是公众学习历史、研究历史、进行爱国主义教育的最好阵地,是为公众提供研究、教育的机构,宣传教育已越来越成为其首要功能。许多纪念馆展示空间常借助雕塑对特殊或重要
容器是Linux内核提供的一种虚拟化技术,能够实现轻量级的虚拟化,以便隔离进程和资源,而且不需要提供指令解释机制以及全虚拟化的其他复杂性。容器能够有效地将由单个操作系统管理的资源划分到孤立的组中,以更好地在孤立的组之间平衡有冲突的资源使用需求。作为一种轻量级的虚拟化技术,与传统虚拟化技术相比,Linux容器具有许多优势,但作为一项新兴的技术,Linux容器的管理还有许多可以改进的地方,许多人已投身
目的:研究温针结合悬吊运动疗法对脑卒中后肩痛的治疗效果。方法:将50例脑卒中后肩痛患者随机分成治疗组和对照组,治疗组采用温针结合悬吊运动疗法进行治疗,对照组采用常规针刺
Minkowski不等式是经典的不等式之一,它在几何、最优化控制、矩阵论、算子理论、函数等各方面都有重要的应用。自从发现这个不等式起,这一百多年来,人们对它的研究一直没有中