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辣椒是世界范围内广泛栽培的一种重要蔬菜兼经济作物。辣椒应用基础研究相对滞后,可用的分子标记数量有限。大规模分子标记的开发和高密度辣椒种内完全连锁遗传图谱的构建对于辣椒现代育种具有重要的实际应用价值。单倍体培养技术在辣椒育种中具有重要的应用价值,小孢子培养是获得辣椒单倍体的重要途径,而部分基因型小孢子胚胎发生频率过低成为制约该技术应用的瓶颈。本研究基于辣椒基因组信息大规模开发分子标记,同时利用简化基因组测序技术和RIL群体构建了两张高密度完全连锁遗传图谱,并将小孢子胚胎发生能力作为一种表型性状,从分子遗传学角度解析基因型间小孢子胚胎发生差异的成因,挖掘调控小孢子胚胎发生的候选基因。研究结果如下:1.利用NCBI非冗余辣椒EST数据库,开发出可用的EST-SSR标记902个。基于辣椒基因组信息,共开发SSR标记177587个,包括基因区上下游SSR标记9182个;开发InDel标记4497个。2.从9182个基因组SSR和4497个InDel中选出平均分布于12条染色体的3356对基因组SSR引物和1400对InDel引物,以PM702和FS871为双亲构建的Fi0代RIL群体为作图群体,构建了一张辣椒种内高密度完全连锁遗传图谱,该图谱包含12个连锁群和708个分子标记,长度为1260.00cM,平均图距为1.78cM,是迄今为止包含SSR标记和InDel标记数量最多的一张辣椒种内高密度完全连锁遗传图谱。3.基于来源于PM702和FS871的142个RILs,利用高通量SLAF-seq简化基因组测序技术,构建了一张辣椒种内高密度完全连锁遗传图谱,该图谱覆盖基因组长度2009.69cM,9328个SLAF标记均匀地分布在12条连锁群上,平均图距为0.22cM。父本测序深度为72.39×,母本测序深度为57.04×,子代平均测序深度为15.65×。4.通过对RIL群体142个株系小孢子胚胎发生能力的数据统计分析,明确了辣椒小孢子胚胎发生能力为数量性状。基于利用SLAF-seq技术构建的遗传图谱,对小孢子胚胎发生能力进行了 QTL定位。共检测到7个QTL,分别位于LG2、LG6、LG8、LG11和LG12上。7个QTL的LOD峰值为3.51-6.66,单个QTL可解释表型变异的变幅为4.76-18.30%。主效QTL为位于LG2上116.5-118.5cM区段的Me2.2,对应物理区段166621667-167038758 bp,共预测有24个候选基因。功能注释表明,这些基因多与细胞分裂的启动、细胞的对称或不对称分裂等生命进程密切相关。本研究将为辣椒育种提供大量实用的分子标记,并为建立高效稳定的辣椒单倍体培育技术体系提供理论依据和实用信息。