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杉木（Cunninghamia lanceolata （Lamb.） Hook.），为杉科（Taxodiaceae）杉木属（Cunninghamia）是我国南方林区重要的经济用材树种。上新世晚期至更新世初期，台湾海峡的陷落，致使台湾与大陆分离，导致杉木的间断分布，大陆杉木和台湾杉木发生了一些分化，关于闽台杉木种质资源的亲缘关系，不同学者持不同的观点，对其可能的起源地和演化迁移路线看法不同。本研究通过开展闽台杉木野生种质资源的调查，从各分布区收集了225份种质材料，其中福建包括泉州德化、龙岩连城、南平武夷山、宁德寿宁、南平延平、福州闽侯6个居群180份种质材料，台湾包括宜兰、台中、苗栗、花莲、南投5个居群45份种质材料；采用ISSR分子标记方法，对闽台杉木种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析，初步揭示其起源和演化历史。主要研究结果和结论如下：（1）成功提取质量较好的杉木总DNA；采用单因素法，建立了适合闽台杉木种质材料的ISSR-PCR最佳反应体系，即：在20μL反应体系中，含模板DNA40ng、25mM Mg2+2.0μL、10mM dNTP0.20μL、Taq DNA聚合酶0.5U、10μM引物1.2μL。（2）从60条ISSR引物中筛选出18条引物对闽台杉木种质资源进行PCR扩增，共扩增出了266条清晰、具多态性、且重复性较好的条带，各居群平均多态比率由高到低依次是：宁德寿宁（97.37%）>南平延平（93.23%）>南平武夷山（91.35%）>龙岩连城（88.72%）>福州闽侯（85.71%）>泉州德化（78.95）>台湾苗栗（78.57%）>台湾宜兰（69.92%）>台湾台中（63.16%）>台湾花莲（56.77%）>台湾南投（42.11%），闽台居群间多态比率达100%。这为分析闽台居群杉木之间的亲缘关系提供了可能性，同时也说明闽台杉木种质资源之间具有较高的遗传变异性。计算得到等位基因平均数Na、有效等位基因Ne、基因多样性指数He、Shannon信息指数值，变化规律略有差异，总体上呈一致性变化。说明不论是居群内，还是居群间都存在着较丰富的遗传多样性。宁德寿宁居群在11个参试居群中遗传变异能力最强，台湾南投居群最弱。（3）居群间平均遗传距离为0.60545，德化和延平的遗传距离最远，为0.7739；宜兰和台中的遗传距离最小，为0.2923，多数集中在0.60.7之间。说明闽台杉木种质资源具有较高的差异性，遗传多样性丰富。通过聚类分析可知，当相似系数为0.616时，该居群可分为6个类群，第一类群含德化和连城2个居群；第二类群含宜兰、台中、苗栗、花莲、南投5个居群；第三类群含寿宁和延平2个居群；第四类群仅武夷山1个居群；第五类群含福州、苗栗（3个样本）、花莲（1个样本）。（4）闽台杉木居群间的平均进化时间从大到小依次是：寿宁>延平>花莲>武夷山>连城>德化>宜兰>台中>福州>苗栗。认为，寿宁、延平可能是福建地区杉木居群的起源地，甚至可能是闽台地区杉木居群的起源地；花莲可能是台湾地区杉木居群的最早起源地。（5）基于ISSR分子标记分析闽台杉木种质资源的起源与演化分析结果可以看出，可能的迁移路线有2条：一是由寿宁，经武夷山、延平，连城、德化，再进入到南投；二是由寿宁经由福州，到达苗栗。以上研究从分子学角度揭示了闽台杉木野生种质资源的遗传多样性，在一定程度上鉴别了闽台杉木的亲缘关系、起源与演化关系，为解决闽台杉木分类问题提供可参考的意见，促进两岸杉木种质资源的基因交流，为杉木遗传改良奠定基础。