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芜菁是十字花科中以膨大的肉质根为产品的蔬菜，营养价值丰富，是人们喜食的蔬菜之一。直根膨大性状受多基因控制，表现为数量性状的遗传特点。长期以来，因受研究手段的限制，对它们的研究大多数停留在细胞和解剖水平，对其遗传机制、分子水平的研究尚未见报道。本文以耐病芜菁（Brassicacampestris L.ssp.rapifera Matzg，syn.B.rapa L.）和白菜型油菜（Brassicacampestris L.）杂交获得的F2代群体为实验材料，结合集合分离体分析法组成最大、居中、最小三个基因池，利用64对AFLP选择性扩增引物对三基因池进行了筛选，共获得了2903条谱带，平均每对引物45条。引物组合E-ACA/M-CAG、E-ACA/M-CTG和E-ACC/M-CAG均在膨大的基因池中扩增出多态性条带。亲本和单株验证结果表明，仅E-ACC/M-CAG扩增的多态性条带与直根膨大基因连锁，遗传距离为14.6cM，分子量约为220bp，将其命名为EM220，是首次获得的与直根膨大基因连锁的分子标记。通过本实验室构建的遗传图谱，将EM220定位在连锁群4上。该标记所在的位点主要表现为显性-加性效应，可解释65.2％的表型变异率，可能是控制直根膨大的主效QTL。Southern杂交表明，该标记为单拷贝序列，并根据测序得到的两端序列设计引物，进行了SCAR标记的转化分析。芜菁的肉质根解剖结构属萝卜类型，该标记的获得为萝卜型直根膨大性状的分子辅助育种提供了分子依据。并可以此为基础，结合连锁不平衡理论进一步寻找连锁更紧密的分子标记，用图位克隆的方法克隆相关基因。此外，还以耐病芜菁为材料，分不同时期取材进行的根部SDS-PAGE分析表明，播种后第32天是直根膨大的关键时期，为从RNA入手，通过cDNA-AFLP或DD-PCR等技术克隆相关基因，以及进行直根膨大的转录、调控水平研究奠定了初步基础。