2011年中央一号文件指出“兴水利、除水害，事关人类生存、经济发展、社会进步，历来是治国安邦的大事”，提出了新时期水利发展的重要战略地位，是经济、社会发展不可替代的基础支撑，具有很强的公益性、基础性、战略性。为提高水利基础支撑作用，我国兴建了大量水利工程，这些工程在抗御水旱灾害，保障经济社会安全，促进工农业生产稳定发展，保护水土资源和改善生态环境等方面发挥了重要作用。但是随着水利工程体系的逐步建立，工程管理也碰到管理模式、人员配置、管理资金、维修养护等方方面面的问题，形成制约水利工程发挥效益的瓶颈。因此，有必要通过对水利工程管理进行管理创新，理顺管理体制、合理配置人力资源、推进管养分离，实现水利工程效益正常发挥。　　本文主要采取案例分析和资料收集研究方法，以广东省F市S区的水利工程管理为例，综合运用公共管理理论，在对S区水利工程管理的发展历程、管理机构、管理对象以及资金来源等情况进行认真细致分析的基础上，指出基层水利管理部门在S区实行改革后，存在管理流程复杂、工作量大增等管理问题，出现人力资源不足，工程维修养护陷入困境等情况。随后，对存在的问题进行分析，其原因在于S区水利工程管理队伍的管理幅度过大、管理僵化，缺乏完善人力资源管理制度，水利工程维修养护市场不成熟等问题，最后提出了S区水利工程管理的对策建议，适应管理环境的变化。