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种子相关性状是重要的农艺性状,是影响作物产量的关键因素之一,也是种子品质检测的重要组成部分,明确甜瓜种子性状的遗传改良机制有利于培育壮苗,对作物遗传育种研究、品种选育以及提高经济效益具有重要意义。本研究以12份甜瓜材料为亲本,其中2份为母本（P5和No.416）,10份为父本（BL-1,NO.1496,P10,ZL001,BH-5,YL020,GL-5,ZQ002,DM-68和YH-7）,按NC-II设计配制20个组合,利用DPS数据处理系统对甜瓜3个种子相关性状的配合力及遗传力进行分析。通过配合力及遗传力分析筛选出最佳组合P5×P10,以此构建F2分离群体和F2:3家系,对450个F2单株开展种子相关性状的遗传分析,以127个F2单株开展特异性位点扩增片段测序（Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing,SLAF-seq）技术,构建高密度甜瓜遗传连锁图谱,并结合F2单株及F2:3家系的表型数据,对种子相关性状开展数量性状基因座（Quantitative Trait Locus,QTL）定位分析。研究结果如下:1、12份亲本的一般配合力分析结果如下:母本P5在百粒重的一般配合力效应值大于母本No.416,因此在百粒重配合力表现上,P5为最佳母本,No.416在种子长度中的一般配合力效应值大于P5,P5和No.416在种子宽度中的表现均为0;以一般配合力效应值大小对10份父本的3个性状在一般配合力上的优劣性进行排名得到:P10＞BH-5＞GL-5＞BL-1=NO.1496＞YL020＞ZL001=ZQ002=YH-7＞DM-68,表明P10为最佳父本。2、20个杂交组合的特殊配合力分析结果显示:种子百粒重、种子长度和种子宽度表现为正效应的组合分别有10个、8个和12个,其中组合P5×No.416在种子长度上的效应值最高,P5×P10次之,组合P5×P10在种子百粒重和种子宽度的效应值最高,表明该组合在种子百粒重和宽度上的表现最佳。综合以上表现筛选出P5×P10组合为种子大小选配的最佳组合。3、20个杂交组合的遗传力分析结果表明:甜瓜种子百粒重的广义遗传力以及狭义遗传力均为93%,此结果说明主要是遗传变异造成了F1组合间的差异,而且环境对此差异的影响较小,因此,百粒重可作为对杂交亲本进行选择的指标,与其配合力的分析是一致的。4、利用SLAF测序获得一张包含12个连锁群的甜瓜高密度遗传连锁图谱,该图谱总长为1 356.49c M,标记间平均距离为0.37c M。对P5×P10的F2分离群体以及F2:3家系的种子相关性状进行遗传分析,结果显示种子长度、宽度和百粒重均呈正态分布,为数量性状。利用F2群体及F2:3家系对与种子性状相关的QTL开展初步定位,共获得10个QTL,其中5个QTL与种子百粒重相关,2020-hsw6.1位于甜瓜第6条染色体1 082 887至1 206 028之间,LOD值为2.65,解释了13.97%的表型变异;2020-hsw7.1位于甜瓜第7条染色体458 518至1 212 963之间,LOD值为2.81,解释了9.76%的表型变异;2021-hsw3.1位于甜瓜第3条染色体31 447 562至31 470 545之间,LOD值为12.69,解释了36.55%的表型变异;2021-hsw5.1位于甜瓜第5条染色体3 355 789至3 537 407之间,LOD值为7.15,解释了8.70%的表型变异;2021-hsw7.1位于甜瓜第7条染色体412 326至2 601 463之间,LOD值为2.90,解释了1.63%的表型变异。2个QTL与种子长度相关,2020-sl3.1位于甜瓜第3条染色体31 430 517至31 553 644之间,LOD值为8.31,解释了27.43%的表型变异;2021-sl3.1位于甜瓜第3条染色体31 430 517至31 659 961之间,LOD值为13.82,解释了43.73%的表型变异。3个QTL与种子宽度相关（2020-sw3.1,2020-sw12.1和2021-sw3.1）,2020-sw3.1位于甜瓜第3条染色体31 447 562至31 470 545之间,LOD值为3.37,解释了16.03%的表型变异;2020-sw12.1位于甜瓜第12条染色体1 254 239至1 313 909之间,LOD值为3.38,解释了12.88%的表型变异;2021-sw3.1位于甜瓜第3条染色体31 430 517至31 659 961之间,LOD值为10.00,解释了41.25%的表型变异。5、基于SLAF-QTL分析的初步结果,共定位到了10个与甜瓜种子百粒重、种子长度及种子宽度相关的QTL,其中有5个QTL定位在第3条染色体31 430 517至31 659 961这一相同区间,区间内共包含0.23Mb,有34个候选基因;利用CAPS标记和92个F2:3家系在候选区间对甜瓜种子相关性状进行进一步定位,检测到3个分别与种子长度（sl3.2）、种子宽度（sw3.2）及种子百粒重（hsw3.2）有关的QTL,sl3.2、sw3.2和hsw3.2均位于第3条染色体31 458 160至31 463 441之间,区间内共包含5.28kb,有2个候选基因,LOD值分别为46.04、37.85及28.77,加性效应分别为-1.69、-0.72及-0.62,贡献率分别为88.53%、83.71%及75.37%。