microRNA(miRNA)是一类大约22nt大小、高度保守的内源非编码RNA分子。miRNA在转录后水平沉默靶基因的表达，进而参与生物体各种生理过程，如发育、分化、增殖、凋亡和机体病变等。miRNA的正常表达具有时空特异性，其异常表达会导致发育缺陷、癌症、肥胖等多种疾病。因此miRNA表达谱对于miRNA功能研究具有重要的提示作用。目前高通量研究miRNA表达谱的手段主要是使用miRNA芯片。本论文的主要工作就是运用miRNA芯片构建miRNA表达谱。 本文第一章，利用芯片对水稻在干旱应急条件下miRNA的表达进行了分析。鉴定了三个干旱应答miRNA，其中miR-169g上调尤为显著。对miR-169家族进一步分析发现在该家族众多成员中，miR-169g是唯一受到干旱诱导的成员。并且它上游存在两个连续的脱水应答元件，进一步说明miR-169g可能是一个受到相关转录因子CBF/DREBs直接调控，受干旱调节的miRNA。此外，通过测序部分为芯片而建立的小RNA文库，得到了数千条小RNA序列用于寻找和鉴定新的miRNA。 本文第二章是对水稻在高盐应急条件下miRNA的表达分析。结果显示，在高盐应急条件下，除了miR-169g仍然受到诱导外，miR-169n和miR-169o受到了更为显著的诱导。对后者分析表明，miR-169n和miR-169o在染色体上相距3707bp，成簇分布，构成一个miRNA基因簇。并且它们周围很大区域内的序列和高级结构极为相似，说明这两个miRNA是由一个祖先miRNA经过连续复制事件扩增而来。这个基因簇的转录起始位点上游存在另一个与植物应急相关的调控元件ABRE，说明miR-169n和miR-169o可能是通过受AREBs调节而对高盐应答的。随后，又验证了在拟南芥中，至少有一个以上的miR-169成员受到高盐诱导。这说明，部分miR-169家族成员受到高盐诱导现象在植物中具有一定程度的普遍性。此外，还完成了一些其它miRNA表达谱，如小鼠脊髓发育，小鼠P19细胞分化等。 在本文第三章中，改进并简化了小RNA文库的建立方法，验证了其在芯片实验中的可行性。利用这一方法初步分析了正常胃和胃癌的miRNA表达差异，发现了几个明显差异表达的miRNA信号。