司法是生态环境保护的最后一道法治防线。自2018年9月,在最高人民法院的指导下,长江经济带11个省市及青海省在重庆共同签订《长江经济带11+1省市高级人民法院环境资源审判协作框架协议》肇始,以法院、检察院为司法主体的多元化生态环境保护协作性规范性文件纷纷出台。比如,2019年,最高人民检察院与生态环境部等九部委在联合印发的《关于在检察公益诉讼中加强协作配合打好污染防治攻坚战的意见》中提出,要完善检察机关与行政机关的协作机制,以形成生态环境保护合力。2021年,最高人民法院在《关于新时代加强和创新环境资源审判工作为建设人与自然和谐共生的现代化提供司法服务和保障的意见》（法发[2021]28号）中再次重申“强化跨部门联动治理,完善司法协作机制”。在地方层面,比如,2021年浙江省人民检察院、浙江省高级人民法院、浙江省公安厅、浙江省司法厅、浙江省自然资源厅、浙江省生态环境厅、浙江省水利厅、浙江省林业局联合印发《关于进一步完善生态环境和资源保护行政执法与司法协作机制的意见》的通知等。然而,由于我国司法权配置与行政区域划分相一致而形成的司法管辖权与行政区划相适应的匹配格局,在实践中却羁绊或阻碍了司法协作机制的良性运行与功能发挥。如何破解这一难题,成为环境司法治理现代化面临的新课题。本文以长江经济带、京津冀地区和贵州赤水河等流域、区域和跨流（区）域三种类型中的环境司法协作运行实践为样本,结合法律功能主义与规司法协作的法律概念和理论基础,梳理其运行体系及机理,反思其运行中现实困境,以探求生态环境保护司法协作机制的完善进路。本文主要分为四部分:第一部分概述了生态环境保护司法协作机制中生态环境、环境司法、司法协作机制的内涵。环境科学将生态环境理解为自然环境中影响人类和其他生物生存和发展的一切外界条件的总和,生态环境与人类生产和生活的相关性决定了其所具有的价值意义,从而发展出了一系列与保护生态环境出相关的立法、司法行为,即环境司法。而伴随着跨流域、跨区域环境问题的增多,针对环境保护而提出的司法协作亦随之而生。司法协作机制是指司法实践中多元主体间协同合作的制度安排及运行方式。第二部分阐述了生态环境保护司法协作机制的理论基础。就生态环境保护的现实意义而言,生态整体主义理论、环境多元共治理论、生态利益平衡理论决定了以司法协作方式推动跨区（流）域环境治理时,必须从生态整体主义思想出发,加强以司法为核心的多元主体对生态环境保护的协同共治,才能实现生态整体利益平衡与环境司法效能提升。第三部分梳理了生态环境保护司法协作机制的运行现状与现实困境。通过对长江经济带、京津冀地区和贵州赤水河流域的生态环境保护司法协作现状进行分析,梳理出生态环境保护司法协作机制运行困境主要为协作的理念不足、制度缺失、主体间协作不畅等。第四部分提出了生态环境保护司法协作机制的完善路径。本文认为,首先要确立绿色、能动、协同的司法理念为环境司法协作的思想基础;其次,要完善环境司法协作的制度供给,为环境司法协作运行提供法律依据;最后,明确环境协作主体间的权责及协作原则问题,确保环境司法协作顺畅,监督有力。