高校知识创新系统是一个开放的、远离平衡态的以及受制于内外部各种要素影响的非线性系统。当系统处于自组织演化状态时,外部环境的输入和内部要素的协同与结合,都会对高校知识创新系统的自组织演化产生巨大影响,并最终会影响到其对地方经济和社会的支撑和辐射力度。目前,我国高校长期存在着知识创新系统的自组织演化条件不充分、动力不足等问题,因此,研究高校知识创新系统自组织演化问题,就有很强的现实意义。本文运用自组织理论及相关方法论对高校知识创新系统进行探讨,深入分析了高校知识创新系统自组织演化的构成要素和自组织演化机理,认为只有外部环境的输入达到一定的阀值,内部要素实现有效协同与结合的时候,高校知识创新系统才能够实现知识创新的预期和目标。在此基础上,本文对广西高校知识创新系统自组织演化进行了实证研究,认为广西高校知识创新系统自组织演化存在问题的根源是：从系统外部看,知识创新系统的开放程度不充分,各种负熵流的输入受到阻碍；从系统内部看,科研活动缺乏自主性；非线性作用不明显；现行教学模式不利于创新型人才的培养等诸多问题。针对以上问题,本文提出了面向地方政府和高校的相关对策建议,这些对策建议不但可以为地方政府制定知识创新相关政策提供科学依据,而且可以为高校加强知识创新系统自组织演化提供有益的决策借鉴。