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蛋白质具有十分复杂的空间三维结构，且其结构分为四个层次，分为一级、二级、三级、四级结构，具有生物活性的蛋白质分子往往可以实现生物体的功能，在许多重要的生命和生理现象中都离不开蛋白质的参与。进行蛋白质与药物等有机小分子之间的相互作用研究，建立体外药物和蛋白质相结合的生理条件下的模型，探讨相互结合部位、相互结合常数、相互作用力强弱等问题，对揭示药物结构与蛋白质之间的相互作用，从分子水平上更深刻的认识蛋白质分子与小分子之间的相互作用机理和作用规律有十分重要的作用；对于了解蛋白质结构与功能，为生命科学的进一步研究提供了丰富的信息和数据；对于了解药物在体内的分布和运输情况，药物的毒性及药物代谢动力学，药物结构与效果及新药的设计，有非常重要的意义。本论文主要包括以下三个部分：1.利用荧光和紫外光谱两种理论和技术，研究了在模拟机体生理酸度pH=7.9的条件下胰蛋白酶（trypsin）与维生素B2（VB2）的相互作用机理。结果表明，VB2对trypsin的內源荧光具有强烈的猝灭作用，在VB2浓度较低时猝灭机制是静态猝灭，在VB2浓度较高时是动态和静态的联合猝灭。并计算出了不同温度下的结合常数。确定了VB2与trypsin的结合位置与色氨酸残基之间距离r为1.11nm，能量转移效率E=0.79。由热力学参数ΔG<0，说明二者的结合过程是自发进行的。ΔH<0、ΔS<0，表明了VB2与trypsin之间的作用力主要为氢键和范德华作用力。同样的方法计算了VB1、VB9与trypsin的相互作用，确定了他们之间的能量转移距离2.用光谱法研究了一定条件下VB1与BHb的相互作用。荧光光谱表明，VB1对BHb的荧光有强烈的猝灭作用，热力学参数显示，VB1与BHb之间的作用力主要为静电引力。二者结合常数数值（数量级104）较大，表明VB1对BHb有较强的结合力。根据Frster非辐射能量转移理论，确定了VB1在BHb中的结合位置与色氨酸残基之间距离r=0.47nm，结合距离小于8nm，发生了非辐射能量转移。同样的方法计算了VB2、VB9与BHb的相互作用，确定了他们之间的能量转移距离。3.采用荧光和紫外吸收光谱法研究了VB1、VB2、VB9与pepsin的荧光猝灭作用。结果表明，三种维生素均可以有规律地使pepsin的内源荧光猝灭，并获得不同温度下维生素与pepsin作用的热力学参数和结合常数。利用同步荧光光谱法考察了三种维生素与pepsin的相互作用中pepsin的构象变化情况。