工商行政管理在我国是有历史渊源的,是社会经济发展的历史结果。伴随社会主义市场经济体制的逐步成熟,其职能由最初相对模糊的经济管理发展成为而今对市场的检查管理和行政执法。眼下,我国正处在全面深化改革的新时期,工商行政管理部门也应当积极思考和探索自身改革、职能转变、职责认定和体制升级等方面问题。在工商部门由垂直管理变为分级管理的体制改革的新形势下,虽然在强化工商部门服务地方经济等方面起到了积极的作用,但在一定程度上却逐步因为地方保护主义、市场分割等多方面原因弱化了工商部门履行法定职责的能力。在上述影响因素中,地方保护主义对当前市场监管中的工商部门执法办案工作产生巨大的负面作用,应当充分认识其中的紧要性和特殊性,并尽快进行解决。本文拟采用理论研究与实践分析相结合的方法,综合分析2014年以来福建省X市工商系统近三年的执法办案数据,总结访谈记录,归纳地方保护主义影响工商部门执法的方式主要有选择性检查执法、内外“合谋”阻挠执法调查、行政与司法双重压力下执法不作为。进而,结合公共管理知识分析当前地方保护主义影响工商部门执法的动因主要有政绩考核与财政创收的双重压力、地方政府间政治经济竞争、地方政府与基层政府的共谋三方面因素。最后,结合福建省X市市场监管的客观实际,从科学完善地方政府绩效考核制度、监督控制地方官僚的权力干预、探索创新工商部门执法机制、强化社会对工商部门执法的监督、优化人力资源激励制度及强化社会对工商部门执法的监督的五个不同维度提出了对工商部门执法中的地方保护主义的综合治理对策及建议。